Первый раз Ничипоренко был допрошен лишь 25 октября, затем последовали допросы 27 и 29 ноября, а затем 8 декабря. Был арестован Н. М. Владимиров, привлечены к дознанию Н. В. Альбертини, Артур Бенни, И. С. Тургенев и многие другие. Всем им в той или иной мере инкриминировалась связь с «неосужденными государственными преступниками» М. А. Бакуниным, А. И. Герценом, Н. П. Огарёвым, В. И. Кельсиевым, В. И. Касаткиным и др. В Лондоне был затребован на родину для судебного разбирательства Василий Кельсиев, но он отказался явиться на суд. От части показаний, касавшихся многих свидетелей и соучастников, Ничипоренко вскоре отказался. При этом У. Эджертон не исключает попыток Ничипоренко сбить следствие с верного пути. Так, например, в материалах следствия фигурирует показание Ничипоренко о том, что целью августовского путешествия 1861 года была не агитационная поездка с Бенни, а желание отдохнуть от «крайне невыносимого» Петербурга.

В результате примерно половина обвиняемых по делу была приговорена к различным срокам заключения, в том числе к пожизненной ссылке в Сибирь, Артур Бенни был подвергнут трёхмесячному заключению с последующим выдворением из России. Половина подозреваемых была признана по суду невиновной, в частности И. С. Тургенев, Н. В. Альбертини и Н. А. Потехин, при этом Потехин, как пишет Лесков, был освобождён благодаря аттестации М. А. Бакунина в письме Гарибальди: «Друг, о котором я вам, говорю, податель — этого письма, называется Андрей Ничипоренко. Он, вероятно, явится к Вам в сопровождении другого русского, доброго малого, но несколько неосторожного и болтливого». Таким образом, иронизирует Лесков, «болтливость» Н. А. Потехина помогла сохранить ему свободу, а «молчаливость» Ничипоренко сгубила его.

Поскольку судебное разбирательство длилось свыше двух с половиной лет, последствий этого дела Андрей Иванович Ничипоренко так никогда не узнал. Он умер скоропостижно при невыясненных обстоятельствах 7 ноября 1863 г. в Петропавловской крепости до окончания судебного решения по данному делу, которое состоялось в апреле 1865 года.

Оценки личности Ничипоренко

Современники давали как правило положительную оценку личности Андрея Ивановича до его провала и отрицательную после провала. Современный исследователь Наталья Пирумова характеризует Ничипоренко следующими словами: «молодой петербургский чиновник Андрей Иванович Ничипоренко, хотя и принимавший деятельное участие в революционных акциях, но не по велению сердца, а по тщеславному желанию играть роль заговорщика», что вполне перекликается с мнением Василия Кельсиева: «тщеславие было главной пружиной всех его действий, и он вечно рисовался». Однако в другом своём отзыве Кельсиев, много лет знавший Ничипоренко, уточнял своё отрицательное мнение о товарище:

начало цитатыВообще, Ничипоренко был, как оказалось после, человек весьма ненадёжный… он франтил своим революционерством, играя роль какого-то заговорщика. Я знал его ещё с коммерческого училища, где он шёл несколькими классами ниже меня. За границей я узнал, что он посещает университет, славится между товарищами умом и красноречием; потом он сделался постоянным корреспондентом «Колокола», и вообще его считали в Петербурге одним из столпов нашей партии. Только связь с Бенни бросала на него тень, но, к чести Ничипоренки, он не порывал её в угоду общему мнению.