Токио Игути, один из наиболее вдумчивых критиков Оэ последних двух десятилетий, указывает на то, что это «я» рассказов противопоставляется топографии романов: в последних все персонажи, несмотря на их своеобразие, обезличиваются и подчиняются по сути некой универсальной логике самого топоса (деревни-государства-микрокосмоса), определяющего их роли и судьбу. Таковы, например, персонажи, чередующиеся в «Футболе 1860 года», «Письмах милому прошлому», «Пылающем зелёном дереве» и «Кульбите», которые носят имя Ги: каждой из этих «реинкарнаций» уготовано место маргинала и «козла отпущения» вне зависимости от их индивидуальных отличий. В рассказах же, наоборот, при всей универсальности образов, скажем, «дождевого дерева» и пр. на первый план выводятся именно единичные люди, связываемые прежде всего повествующим «я», то же происходит и со временем: оно становится личным (в противоположность всеохватывающей одновременности в тех же «Играх современников», отсюда и название последних). Игути видит в такого рода обновлении Оэ реакцию писателя на неуклонный рост однородности общества, когда противопоставление периферии центру, на котором строились «Игры современников» и другие работы, отчасти утрачивает осязаемый смысл и требует дополнения романа как модели мира чем-то качественно иным, что и привело к сосуществованию столь разных по своей природе циклов рассказов и романов в творчестве Оэ 1980-х — первой половины 1990-х годов, в последующие годы эволюционировав в некую синтетическую форму (см. «Подмёныш»).

В 1990-е наметился новый поворот в тематике произведений. К тому времени Хикари, реализовав себя как композитор, таким образом обрёл голос, который ему в течение нескольких десятилетий Оэ пытался дать через собственную литературу. В результате в новом переходном периоде в романах «Башни исцеления» (1990) и «Планета башен исцеления» (1991), в которых сильны мотивы атомной бомбардировки Хиросимы, писатель обратился к нетрадиционному для дзюнбунгаку и собственного творчества жанру научной фантастики. Тема фантастического позднее получила своё развитие в одном из последних романов «Двухсотлетний ребёнок» (2003), который написан в жанре фэнтези.

В целом для «позднего» Оэ характерен практически полный отход от присущего работам 1970-х тематического ядра «отец—сын»: здесь повествование во многом строится вокруг более общих вопросов (зачастую либо в явной полемике с Мисима, либо диалоге с христианством), таких как природа веры и религии, а также тех форм, которые они принимают в современном мире. Одной из ключевых тем становится возможность молитвы в безверии, к которой Оэ обращался, впрочем, и раньше (см. «Объяли меня воды до души моей»). Этот период представлен крупнейшим за всю творческую биографию автора романом «Кульбит» (1999), а также двумя трилогиями: «Пылающее зелёное дерево» (1993—1995) и трилогия «Псевдопара», образованная романами «Подмёныш» (2000), «Дитя печального образа» (2002) и «Прощай же, книга!» (2005), где главным героем является напоминающий самого писателя персонаж 古義人. После завершения каждой из трилогий Оэ публично заявлял о прекращении своей писательской деятельности, однако, несмотря на наметившийся отход от написания романов, произведения последнего десятилетия относятся к числу наиболее значимых из всех, созданных Оэ за полвека его плодотворной работы, а сам писатель считает трилогию «Пылающее зелёное дерево» (1993—1995) кульминацией своего литературного творчества.