До десятилетнего возраста Погодин обучался дома, и уже в эту раннюю пору жизни в нём стала развиваться страсть к учению; знал он в то время одну лишь русскую грамоту и с жадностью прочитывал «Московские Ведомости», тогдашние журналы: «Вестник Европы» и «Русский Вестник» и переводные романы.

С 1810 по 1814 год Погодин воспитывался у приятеля своего отца, московского типографщика А. Г. Решетникова; здесь учение пошло систематичнее и успешнее, но в эти четыре года произошло общеисторическое событие, расстроившее, наряду со всеми обитателями Москвы, всё житьё-бытьё семьи Погодина и произведшее на мальчика глубокое впечатление. Разумеем злосчастный 1812 год, когда дом отца Погодина погиб в пламени московского пожара, и семья Погодиных должна была искать спасенья, вместе с другими жителями пылавшей первопрестольной столицы, в одном из провинциальных городов средней России. Погодины перебрались в Суздаль.

С 1814 по 1818 год Погодин обучался в Московской, тогда единственной, губернской гимназии, а с 1818 по 1821 год в Московском университете, по словесному отделению, соответствовавшему в то время теперешнему историко-филологическому факультету. В гимназии и в университете Погодин ещё более пристрастился к чтению и стал усердно изучать русскую историю, главным образом, под влиянием появившихся в год его поступления в университет первых восьми томов «Истории Государства Российского» Карамзина и девять лет до того изданного начала русского перевода шлецеровского «Нестора». Эти два труда имели решающее значение в ученых работах и воззрениях Погодина: он стал убежденным, но не слепым, поклонником русского историографа и первым и самым ярым из природных русских историков последователем исторической критики Шлецера и его «норманнской теории» происхождения Руси. В Университете на Погодина оказали сильное влияние своими чтениями профессор Мерзляков и Тимковский. Первый поселил в Погодине уважение к русским классическим писателям XVIII в. и способствовал развитию в его речи, устной и письменной, восторженности и напыщенности; второй, знаток римской литературы, обладавший учеными приемами филологической критики, — развил в Погодине филологический экзегетизм, впоследствии приложенный им к изучению русских исторических памятников письменности.

По окончании курса в Университете молодой кандидат Погодин был определён преподавателем географии в Московском Благородном пансионе и занимал эту должность до 1825 года, давая вместе с тем частные уроки в семействе князя Н. П. Трубецкого и готовясь на магистра русской истории. В 1823 году он сдал этот экзамен, а в 1824 году напечатал магистерскую диссертацию «О происхождении Руси», посвятив её Карамзину и защитив публично в Москве, в январе 1825 г. После защиты П. поехал в Петербург и лично «представился» Карамзину, и, по его собственному выражению, «получил как бы его благословение».

Диссертация Погодина составляет свод всех мнений о происхождении Руси, начиная с Байера, и, на основании большой и малой критики Щлёцера, доказывает непреложность норманнской теории происхождения Руси. Магистерство открыло перед Погодиным двери университетского преподавателя, но не сразу удалось ему получить кафедру излюбленного им предмета — отечественной истории. С 1825 по 1828 году он преподает всеобщую историю лишь на первом курсе словесного отделения, а в 1828 году получает место адъюнкта, но не на словесном, а на этико-политическом отделении, для преподавания новой истории XVI—XVIII вв., истории русской. Адъюнктуру на чужом для него отделении (в настоящее время юридический факультет) Погодин занимает до 1833 г. и лишь в этом году, после увольнения от службы профессора всеобщей истории Ульрихса, ему поручается на высших курсах словесного отделения временное преподавание всеобщей истории, которое он и ведет в течение шести лет до возвращения из-за границы в 1839 г. намеченного на эту кафедру министром народного просвещения, С. С. Уваровым, кандидата Тимофея Грановского, впоследствии столь известного профессора Московского университета, оказавшего благотворное просветительное влияние на целый ряд русских поколений.