Только в 1835 году удается Погодину занять, наконец, кафедру русской истории в звании ординарного профессора, но это профессорство продолжается всего девять лет. В 1844 году Погодин оставляет службу в Московском университете, сохраняя лишь звание академика по Отделению русского языка и словесности, каковое он был избран в 1841 году. С 1844 года до самой смерти Погодин предается кабинетным занятиям и отчасти публицистическим, в качестве редактора основанного им в 1841 году журнала «Москвитянин» и других периодических изданий и автора отдельных политических брошюр.

В доме Погодина у Девичья Поля (ул. Погодинская, дом 12А) жили Николай Гоголь и Афанасий Фет, которого Михаил Петрович готовил к поступлению в университет.

Позднее интерес к славянству и славянской истории, понимание самобытности русской истории сближало его со славянофилами.

Погодин как историк стоит особняком в истории своего времени. Деятельность его пришлась на годы оформления теории официальной народности, на стороне который он стоял около тридцати лет (и именно поэтому иногда его называют консерватором). Он отрицал общность путей России и Запада, считая, что у каждого народа свой путь - самобытность. Формулирует 3 отличия России и Запада: 1. Роль государя: он считает, что для славян государь, князь - это гость и защитник, в то время как на Западе - враг; 2.Положение вассалов в обществе в России: это промежуточный слой между государем и народом, находящийся у трона, на Западе же действует принцип "вассал моего вассала не мой вассал"; 3. Собственность на землю: в России - общинная земля находилась у народа, но под властью князя и его вассалов, на Западе - земельные угодья принадлежали только вассалу.

Также особенностью России Погодин считал её географию. Огромная территория страны не позволяла завоевателям осесть на ней, завоевать полностью.

К Петру I и его реформам Погодин относился положительно, считая, что преобразования позволили стране уйти от социального взрыва.

Научная деятельность

В магистерской диссертации «О происхождении Руси» (1825) обосновывал норманскую теорию возникновения русской государственности. Профессор всеобщей истории Московского университета (1826—1835), затем в 1835—1844 профессор русской истории. Занимался изучением древнерусской и славянской истории, процессов закрепощения русского крестьянства, причин возвышения Москвы. Защитил докторскую диссертацию «О летописи Нестора» (1834). Открыл и ввёл в научный оборот ряд важных исторических источников и памятников русской словесности.

Наряду с этим выдвинул ряд ложных исторических утверждений. В частности, он считал, что до татарского нашествия Поднепровье было заселено великороссами, а малороссы (украинцы) вышли из Карпат и поселились над Днепром только в XVI веке.

Собрал «Древнехранилище» — значительную коллекцию икон, медных и серебряных крестов, различных предметов старины, монет и медалей, оружия, рукописей, старопечатных книг, автографов российских и зарубежных деятелей науки, литературы, искусства, а также государственных, военных, политических, церковных деятелей. Часть собрания была приобретена для Публичной библиотеки в Петербурге и Эрмитажа.

Литературная деятельность

Издал литературный альманах «Урания, карманная книжка на 1826 год для любительниц и любителей Русской словесности», к участию в котором привлёк Е. А. Баратынского, Д. В. Веневитинова, А. Ф. Мерзлякова, Ф. И. Тютчева, А. И. Полежаева, С. П. Шевырева, П. А. Вяземского, при содействии которого А. С. Пушкин предоставил пять своих стихотворений. Сам Погодин опубликовал в альманахе свою, написанную в Знаменском летом 1825 года, повесть «Нищий» (с. 15—30). В 1834 году Белинский писал, что повесть «Нищий» замечательна «по верному изображению русских простонародных нравов, по теплоте чувства, по мастерскому рассказу» (Белинский В. Г. Полн. собр. соч.,Т.I., с. 94).