После вмешательства адвокатов, нанятых Анной Ахматовой, матерью Льва Гумилёва, и Вриенной Ерехович, сестрой Николая Ереховича, первоначальный приговор был отменён. Несмотря на это, все трое подследственных были отправлены в лагеря для отбывания наказания. Шумовский и Гумилёв были первоначально сосланы в Воркуту, а затем, после переследствия, в различные лагеря. Николай Ерехович был отправлен на Колыму, где и погиб в 1946 году.

Непосредственной причиной заключения Т. А. Шумовского могло послужить публичное выступление в защиту его учителя — академика И. Ю. Крачковского (1883—1951). Шумовский открыто высказал свое отрицательное отношение к статье Климовича, в которой тот обвинял академика в «низкопоклонстве перед Западом». По воспоминаниям Шумовского, ему также были предъявлены письменные показания впоследствии известного ученого-ассириолога и семитолога И. М. Дьяконова, который описывал Шумовского как «умалишённого». В вину Шумовскому ставилось также то, что он скрыл свое польское происхождение.

Во время своего заключения Шумовский участвовал в создании тюремного университета в пересыльной тюрьме (находилась за Александро-Невской лаврой в Санкт-Петербурге) под руководством академика-почвоведа Б. Б. Полынова, также заключённого. В тюрьмах и лагерях Т. А. Шумовский, параллельно с трудом заключённого, интенсивно продолжал свою творческую деятельность через написание и переводы стихов (по памяти), а также изучение языков у представителей различных национальностей. Эти занятия дополнили классическое востоковедческое образование, полученное Шумовским в университете, и заложили основы его взглядов как на исторические процессы, так и на языкознание, отличающиеся от принятых в традиционной науке.

Несмотря на окончание срока в 1944 году, Т. А. Шумовский был оставлен в лагере до конца войны.

Ссылка в Боровичах (1946—1948)

Шумовский был выпущен из лагеря на поселение в период с 1946 по 1948 год. В это время он работал в новгородском институте усовершенствования учителей, смог параллельно закончить Ленинградский университет и защитить кандидатскую диссертацию на тему «Три неизвестные лоции Ахмада ибн Маджида».

Второе заключение (1948—1956)

Второе заключение Шумовский провёл в Озёрлаге (Красноярский край). Заключённые Озёрлага были обязаны иметь номера. Шумовский имел номер А-499.

В 1948 году Шумовский обратился с письмом в Верховный Совет СССР с просьбой предоставить возможность закончить работу над арабскими лоциями и тем самым «развить новую область в советском востоковедении» в обмен на пожизненное заключение. Обращение было оставлено без ответа. В начале 1950-х гг., отчаявшись, что его когда-либо выпустят, Шумовский начал изучать медицину — с тем, чтобы стать фельдшером и работать в отдаленных деревнях. В 1956 году он был все-таки освобождён.

Шумовский получил полную реабилитацию по своим обоим заключениям в 1963 году, написав 110 заявлений в различные судебные инстанции.

Работа в Академии наук (1956—1979)

(Ленинградское отделение института востоковедения АН)

Благодаря личной поддержке академика И. А. Орбели и Н. В. Пигулевской11 Шумовский смог поступить на работу в Институт востоковедения РАН (Ленинградский филиал). Академическая деятельность Шумовского в институте началась с издания «Трёх неизвестных лоций», которые впоследствии были переведены на португальский и на арабский языки. В 1965 году Шумовский защитил докторскую диссертацию по теме «Арабская морская энциклопедия 15 в.», основанную на исследовании и переводе важнейшей работы Ахмада ибн Маджида «Книга польз об основах и правилах морской науки». Эта работа вызвала большие научные споры, которые осложнили положение Шумовского в Академии наук. Другие значительные осложнения произошли в результате публикации книг «У моря арабистики» (1975) и «Воспоминания арабиста» (1978), в которых Шумовский представил альтернативный взгляд на развитие арабистики в СССР.