12 августа 1580 г. новый лорд-наместник со своей многочисленной вице-королевской свитой прибыл в Дублин. Спенсер, как секретарь лорда Грея, участвовал в осаде «Золотого» форта (Del Oro) в заливе Смервик, где высадился испано-итальянский отряд, направленный в помощь ирландским повстанцам. Отряд сдался, но простые воины (в основном итальянцы) и местные жители, в том числе и женщины, «были порублены мечами и пиками» .

Собственные представления по вопросам ирландской политики Спенсер изложил в единственной своей прозаической книге «Взгляд на существующее положение Ирландии» (A View of the Present State of Ireland), составленной на основе 14-летнего опыта управления на муниципальном уровне и напечатанной только в 1633 г. сэром Джеймсом Во. Данная работа, представляющая собой философский диалог между Иринеем и Евдоксом, в то же время является государственным документом, в котором подробно, день за днём представлен план умиротворения Ирландии для представления в правительство. Спенсер предлагает быстрый путь решения вопроса – послать в Ирландию мощную армию и распределить солдат по гарнизонам. Дать ирландцам несколько дней на размышление, чтобы заключить мир и подчиниться. В противном случае изгнать их из жилищ и выслеживать, как диких животных зимой. Спенсер прекрасно понимает, что война нужна только ирландской знати. Он считает, что люди, по большей части, сами не бунтуют, не имея к этому склонности. Однако, понуждаемые мятежниками к действиям, и подхваченные потоком насилия, они всё же должны убедиться в том, что потеряют не только своё добро, но возможно и свои жизни .

В марте 1581 г. Спенсер был назначен клерком Канцелярии Администрации в Дублине. Эта должность досталась ему от Лодовика Брайскетта (1547-1612), правительственного чиновника, друга и напарника Филипа Сидни.

Спенсер стремился стать собственником, приобрести состояние, которое могло дать ему независимость и свободное время для работы над своим шедевром – эпической поэмой «Королева Фей». 6 декабря 1581 г. он как верный слуга короны получил в аренду аббатство и поместье Эннискорси (Enniscorthy), которое тут же продал. Вложив деньги в аббатство Боссе, поэт арендовал дом лорда Балтингласа в Дублине, а с августа 1582 г. взял в аренду землю и дом Нового Аббатства в графстве Килдэр, и на этой основе впервые стал именоваться «землевладельцем». В мае 1583 – июле 1584 г. поэт служил специальным уполномоченным (комиссаром) по сборам налогов графства.

В течение четырех лет, с 1584 г., Спенсер выполнял обязанности секретаря губернатора Манстера, самой южной ирландской области. Как секретарь и друг исполняющего обязанности президента Манстера Томаса Норриса (1556–1599), Спенсер получил 3028 акров земли, включая старый десмондовский замок Килколман. Это было одно из лучших, хотя и небольшое поместье, расположенное между городами Маллоу и Лимерик, примерно в трёх милях от Донерейля.

Становясь крупным собственником, Спенсер стремился, видимо, войти в круг местной знати, используя предоставленные ему возможности здесь, в Ирландии, а не искать карьеры и благ в Англии, где земля была уже давно распределена. В марте-сентябре 1588 г. Спенсер окончательно поселяется в своём поместье в графстве Корк, хотя королевский дарственный акт на это поместье не был оформлен вплоть до 26-ого октября 1591 г. Шесть арендаторов трудилось на его земле, принося неплохой доход . Заодно Спенсер унаследовал от Лодовика Брайскетта новую должность секретаря местного совета Манстера, продав должность клерка Канцелярии Администрации в Дублине.