В апреле 1900 года во Пскове принимает участие в организационном совещании по созданию газеты «Искра» вместе с Л. Мартовым, А. Н. Потресовым, С. И. Радченко, М. И. Туган-Барановским, А. М. Стопани и В. И. Лениным.

В либеральном движении

В дальнейшем Струве переходит от марксизма к либерализму, путь к которому заканчивает в 1907 году.

Летом 1900 года налаживает контакты с конституционалистским крылом земских либералов, в частности с И. И. Петрункевичем. Таким образом Струве начинает объединение всех антисамодержавных сил, разделяющих идею политической свободы. На переговорах зимой в Мюнхене с Плехановым, Лениным, Потресовым и Верой Засулич подписывает договор об участии в финансировании изданий их стороны и издательства совместного «Современного обозрения» для публикации документов, обличающих российский режим. 17 марта 1901 года принимает участие в демонстрации на Казанской площади, после чего его ссылают в Тверь. Его поклонник, издатель Д. Е. Жуковский предлагает ему деньги для издательства за границей журнала, пропагандирующего создание конституционного правительства в России. Струве добивается от властей разрешения уехать за рубеж. При содействии влиятельных знакомых он его получает и в декабре уезжает в Германию.

С 1901 года в эмиграции, с 1902 года редактор журнала «Освобождение». Один из авторов сборника «Проблемы идеализма» (1902). Один из создателей либерального «Союза освобождения». В 1904 году в качестве делегата «Союза освобождения» принял участие в Парижской конференции оппозиционных и революционных партий России.

В 1905 году вернулся в Россию, амнистия, дарованная ему лично по ходатайству С. Ю. Витте догнала его в пути. Член ЦК партии кадетов (1905—1915), 8 июня 1915 года вышел из ЦК, а фактически отошёл от партии в 1908 году.

С 1906 года — в Петербургском политехникуме (Санкт-Петербургском политехническом институте): преподаватель, доцент, экстраординарный профессор, заведующий кафедрой политэкономии.

В 1906 году, после смерти В. А. Гольцева, возглавил журнал «Русская мысль» и оставался его редактором до закрытия большевиками в 1918 году.

В 1907 году — депутат II Государственной думы (1907) от Петербурга, статский советник.

Издатель журнала «Полярная звезда» (1905—1906), с осени 1907 года один из ближайших сотрудников «Московского еженедельника» (редактор-издатель Е. Н. Трубецкой).

Вдохновитель и участник сборника «Вехи. Сборник статей о русской интеллигенции», содержавшего также статьи его единомышленников Н. А. Бердяева, С. Н. Булгакова, С. Л. Франка, М. О. Гершензона, А. С. Изгоева, Б. А. Кистяковского (Москва, 1909).

1913 год — магистр, экстраординарный профессор Петербургского университета.

1915 год — председатель секретного Особого межведомственного комитета по ограничению снабжения и торговли неприятеля при министерстве торговли и промышленности (по 1917).

В 1916 году Струве получил звание почётного доктора Кембриджского университета

1917 год — в апреле-мае — директор Экономического департамента МИД, в мае избран в академики Российской академии наук (исключён большевиками в 1928 году, в 1990 году восстановлен).

Борьба с большевиками

К большевистскому перевороту Струве отнесся отрицательно. В декабре он отправился на Дон. В Новочеркасске во время начала формирования Добровольческой армии он совместно с П. Н. Милюковым способстовал разрешению конфликта между генералами М. В. Алексеевым и Л. Г. Корниловым по разделению полномочий. Избран членом Совета нарождающейся армии.