После смерти императрицы Екатерины II император Павел I отозвал русские войска с Кавказа. Воспользовавшись этим, Ага-Мухаммед шах начал новый поход на Кавказ, чтобы привести к покорности местных правителей. Так как в Карабахе был неурожай и свирепствовал голод, у Ибрагим-Халил хана не было возможности организовать сопротивление, и он в сопровождении небольшого отряда бежал из города. Город был без боя занят войсками персидского шаха. Вагиф был брошен в темницу, и на рассвете его ожидала казнь. По совпадению, в тот же вечер за какую-то провинность Ага-Мухаммед шах обещал казнить и трёх своих слуг. Однако Ага-Мухаммед шах не дожил до утра. Слуги, которым он пригрозил казнью, проникли ночью в спальню шаха и убили его.

Убийство шаха спасло жизнь Вагифа, но ненадолго: в 1797 году временно взявший власть в ханстве племянник Ибрагим-Халил хана Мухаммед-бек Джеваншир, видевший в нём преданного сторонника своего дяди, повелел убить поэта и его сына Али-бека. После убийства Вагифа дом его был разгромлен, а рукописи — уничтожены.

Произведения поэта были собраны впоследствии по отдельным записям или из уст певцов. Первый сборник стихов Вагифа был издан в 1856 году М. Ю. Нерсесовым в Темир-Хан-Шуре (ныне Буйнакск). Первое наиболее полное их собрание было издано в 1945 году (русский перевод 1949 г.).

В советское время (1982 г.), на могиле поэта в городе Шуша был воздвигнут мавзолей.

Творчество

Произведения Вагифа в рукописях не сохранились. Впоследствии они были собраны по отдельным записям или из уст певцов. Первый сборник стихов Вагифа был издан в 1856 году М. Ю. Нерсесовым в Темир-Хан-Шуре (ныне — Буйнакск). Собиранием стихов Вагифа усиленно занимался и Мирза Фатали Ахундов. Первое наиболее полное их собрание было издано в 1945 году (русский перевод 1949).

Поэтическое творчество Вагифа, открывшее новую страницу в азербайджанской поэзии, было близко к народу. Лирика поэта жизнерадостна; Вагиф трезво судит о реальной жизни, а её невзгоды стремится преодолеть силой разума, находя философский смысл даже в скорбях. Высшую награду человеку Вагиф видел в земной, почти языческой любви. В отличие от поэтов-романтиков, воспевавших возвышенно-жертвенную любовь к идеальной красавице, Вагиф поэтизирует наслаждение, создаёт образы вполне реальных красавиц, весёлых проказниц («Фиалка», «Двух красавиц я славлю», «Грудь упругая прекрасна»).

В поздние годы в стихах Вагифа чувствуется мотив превратности судьбы (бессилие человека перед лицом рока, провидения), обычный для средневековой восточной лирики («Видади, ты на чёрствые эти сердца погляди»). Горечью пропитана философская лирика («Кто совершенен, того постигают напасти судьбы»), проникнутая также ироническим отношением к миру обмана и зла («Я правду искал, но правды снова и снова нет»).

Вместе с Видади, старшим современником и другом, Вагиф утвердил в азербайджанской поэзии ашугскую форму гошма, которая наиболее близка к народному поэтическому творчеству. Своими же газелями, мухаммасами, написанными в строго классической форме, Вагиф отдал дань и поэтической школе Физули. Стихи и сегодня Вагифа поются ашугами и певцами. Существет азербайджанская поговорка, которая гласит: «Не всякий, кто учится, сделается Молла-Панахом». Жизнь Вагифа нашла художественное воплощение в драматической поэме Самеда Вургуна «Вагиф».