После школы Дель Торо поступил в Университет Калифорнии в Сан-Диего, но вскоре бросил его, заинтересовавшись театром. Затем он отправился в Нью-Йорк и поступил в школу драматического искусства Circle In The Square, однако учёба там по каким-то причинам не задалась, и Бенисио уехал в Лос-Анджелес, где на протяжении трёх лет брал уроки у знаменитых театральных педагогов Стеллы Адлер и Артуро Мендосы.

1980-е и 1990-е

Во время учёбы Дель Торо дебютировал на телевидении, получив в 1987 году небольшую роль в эпизоде популярного телесериала «Полиция Майами», а уже через год впервые снялся в кино в комедии «Коротышка — большая шишка». В 1989 году актёру предложили принять участие в новом фильме о приключениях Джеймса Бонда — «Лицензия на убийство», где он сыграл телохранителя главного злодея. В 1991 году последовала небольшая роль в режиссёрском дебюте Шона Пенна, драме «Бегущий индеец», и далее второстепенные роли в картинах «Бесплатные деньги», «Бесстрашный», «Фарфоровая луна» и «Среди акул».

Важным этапом в карьере Бенисио стало участие в криминальном триллере 1995 года «Подозрительные лица», за участие в котором критики присудили актёру премию «Независимый дух». В следующем году он снова был удостоен этой премии — на этот раз за фильм «Баския». В 1996 году актёр появился ещё в трёх картинах. Это были драма «Радостная поездка», криминальная драма «Похороны», где актёр сыграл гангстера Гаспара, и триллер Тони Скотта «Фанат», в котором партнёрами Дель Торо были Роберт де Ниро и Уэсли Снайпс. В 1997 году актриса Алисия Сильверстоун пригласила Бенисио сняться вместе в романтической комедии «Лишний багаж», которую сама же и продюсировала. Алисия Сильверстоун выбрала его после просмотра фильма «Подозрительные лица». Фильм провалился в прокате, однако о работе актёра критики отозвались положительно.

В 1998 году Дель Торо вместе с Джонни Деппом снялся в экранизации знаменитого романа Хантера Томпсона — фильме «Страх и ненависть в Лас-Вегасе», — роль адвоката доктора Гонзо стала для актёра настоящим прорывом. Ради участия в проекте Дель Торо набрал около двадцати килограммов, и в итоге «Страх и ненависть в Лас-Вегасе», режиссёром которого был Терри Гиллиам, стал одним из культовых фильмов 90-х.

2000-е

В 2000 году, после двухлетнего перерыва актёр снялся сразу в трёх знаковых фильмах. Первым стал триллера «Путь оружия», режиссёрский дебют сценариста Кристофера Маккуорри, который был сценаристом триллера «Подозрительные лица», затем последовала криминальная драма Стивена Содерберга «Траффик». Этот фильм, сюжет которого был построен на проблеме незаконного оборота наркотиков, был удостоен четырёх премий «Оскар» — и одну из них получил Дель Торо. Помимо этого за роль полицейского Хавьера Родригеса актёр был удостоен в общей сложности девятнадцати престижных наград и номинаций, в том числе получил премии BAFTA, «Золотой глобус» и приз за лучшую мужскую роль 51-го Берлинского кинофестиваля. И, наконец, третьим фильмом актёра этого года стала знаменитая гангстерская комедия Гая Ричи «Большой куш». В фильме Бенисио исполнил роль грабителя, у которого зависимость от азартных играх — Фрэнки Четыре Пальца.