Гл. 2. Организация живых существ. Чтобы понять биологическую сущность познания, необходимо изучать живое существо как целое, а не только его нервную систему. Живые существа отличает «аутопоэзная организация», то есть способность к самовоспроизводству — к порождению, «строительству» самих себя: аутопоэзная система как бы «вытаскивает сама себя за волосы», создавая собственные компоненты, «без разделения на производителя и продукт». Так, клетка производит компоненты своей мембраны, без которой клетка не могла бы ни существовать, ни производить эти компоненты. Именно аутопоэзная организация служит критерием, определяющим жизнь.

Гл. 3. История: репродукция и наследственность. Репродукция не является определяющим критерием жизни, так как не является частью организации живых существ («аутопоэзных единств»): чтобы репродуцироваться, организм прежде уже должен существовать как единое организованное целое. Репродукция порождает историческую систему (ряд поколений, между которыми существует историческая взаимосвязь). При этом одни структурные особенности у потомков сохраняются (наследственность), другие изменяются (вариация).

Гл. 4. Жизнь метаклеточных. Если между двумя или более аутопоэзными единствами (например, клетками) имеются постоянные взаимодействия, между ними может возникнуть «структурное сопряжение», приводящее к взаимосвязанности их онтогенезов: образуется «метаклеточное единство, или единство второго порядка». Впрочем, жизненный цикл каждого многоклеточного организма всё равно начинается с одной клетки, из которой он развивается — именно на этой одноклеточной стадии происходит репродукция и репродуктивные изменения (это касается полового размножения; некоторые многоклеточные, однако, размножаются простым делением.) С увеличением размера организмов растёт продолжительность их репродуктивного цикла (то есть снижается частота смены поколений). Вопрос о том, являются ли сами метаклеточные организмы аутопоэзными единствами, то есть «являются ли аутопоэзные системы второго порядка также и аутопоэзными системами первого порядка», остаётся открытым.

Гл. 5. Естественный дрейф живых существ. Онтогенез — это «структурный дрейф» (структурные изменения) организма, при котором происходит сохранение его организации, аутопоэза — и одновременно адаптация к окружающей среде. «Следовательно, окружающую среду можно рассматривать как постоянно действующего „селекционера“, отбирающего структурные изменения, которые организм претерпевает в процессе онтогенеза». Аналогичный процесс происходит в филогенезе: эволюция — это непрерывная последовательность изменений в наследственной линии организмов на каждой репродуктивной стадии при сохранении ими, с одной стороны, организации, аутопоэза, с другой — адаптации к также изменяющейся среде. В таком процессе естественного структурного дрейфа нет внешней направляющей силы, «нет прогресса или оптимизации в использовании окружающей среды, но только сохранение адаптации и аутопоэза».

Гл. 6. Сфера поведения. Поведение организма определяется структурой внутренних связей нервной системы. Нервная система «операционально замкнута», внутренне детерминирована, и окружающая среда не определяет и не направляет изменения нервной системы, но лишь запускает их, вызывая в неё те или иные «возмущения», которые нервная система затем вынуждена компенсировать, что внешне выражается как «поведение». Поэтому неверно общепринятое мнение, что организм «получает информацию из окружающей среды и использует её для построения образа (репрезентации) мира, и на основе этого образа формирует адекватное поведение». Нервная система не оперирует образами мира: «в живом существе происходят только внутренние структурные изменения» в ответ на внутренние же структурные возмущения, вызываемые воздействиями внешней среды, — которые потому «с необходимостью соответствуют среде и хорошо „осведомлены“ о ней». Лишь для внешнего наблюдателя это представляется «поведением» организма в окружающей среде, определяющимся некими «представлениями» о ней. Таков узкий путь между Сциллой и Харибдой «репрезентационизма» и солипсизма.