Спартанцы были распределены по всему фронту для борьбы с врагом, но всё равно более продвинутые ковенанты продолжали уничтожать человеческие колонии одну за другой. Начиная с 2536 года, силы ковенантов атаковали Внутренние Колонии.

17 июля 2552 года, мичман Уильям Ловелл на сканирующей заставе «Архимед» обнаружил флот ковенантов в системе Сигма Октана. Коммандеру Джекобу Кейсу на борту эсминца «Ирокез» пришлось драться с четырьмя средними кораблями ковенантов (два фрегата, один эсминец, и один носитель); он смог уничтожить три из них используя тактический приём позже названный «Петлёй Кейса». Выживший носитель вышел на орбиту Сигмы Октана IV и высадил десант который захватил столицу колонии, город Лазурный Берег. Сразу после этой битвы Кейс был удостоен звания капитан по личному приказу адмирала Стэнфорда. Спартанцы вместе с пехотой ККОН попытались отбить наземные силы ковенантов от города, но им пришлось его уничтожить ядерным зарядом. Взрыв уничтожил почти весь десант ковенантов. В это время, более сорока кораблей ККОН вступили в бой с двадцатью кораблями ковенантов. В ходе битвы «Ирокез» уничтожил корабль, принимающий передачу с поверхности планеты. Сразу после этого уцелевшие корабли ковенантов покинули систему. «Ирокез» вернулся на Предел, но никто не заметил небольшой зонд ковенантов на внешней обшивке корабля.

27 августа 2552 года, капитан Кейс был переведён на модифицированный крейсер «Столп Осени» для тайного задания. Во время битвы в Лазурном Берегу, солдаты обнаружили таблицу с неизвестными иероглифами на ней. Доктор Халси и её электронная копия, ИИ Кортана извлекли из них координаты для прыжка. Все спартанцы были отозваны на Предел для нового задания — захвата корабля ковенантов, путешествие в родной мир чужих, и захват их лидеров. Джон-117 также получил нейронное улучшение и новую версию МЬОЛЬНИР-а, которая включала в себя генератор энергощита, созданный на базе щитов ковенантов. Нейронное улучшение позволяло ИИ быть помещённым в броне спартанца и оказывать ему всю посильную помощь. Пройдя успешное испытание, цель которого заключалась в координации действий с ИИ, Джон-117 и другие спартанцы начали готовиться к выполнению миссии.

30 августа 2552 года, огромный флот ковенантов, используя зонд, прикреплённый к «Ирокезу», вышел из пространства скольжения вблизи планеты и атаковал силы ККОН. Спартанцы были разделены на две команды: Синяя и Красная. Джон-117 и другие члены Синей команды (Линда и Джеймс) были посланы уничтожить навигационную систему одного из кораблей, чтобы та не попала в руки ковенантов. В ходе миссии Джеймс был убит, а Линда получила сильные ранения и впала в кому. Вместе с Джоном она попала на «Столп Осени» перед тем как корабль прыгнул с поля боя. Линда была помещена в анабиоз (где она и оставалась во время первой игры). О Красной команде, которая была послана на поверхность, ничего не было известно, но ковенанты остекленили колонию с орбиты плазменными торпедами, оставив лишь малый кусок поверхности для поиска артефакта Предтечей. Падение Предела стало монументальным случаем в истории человечества, поскольку Предел считался неприступной цитаделью ККОН.

Роман заканчивается началом первой игры. Хотя прыжок корабля должен был быть случайным, Кортана использовала координаты, полученные из таинственного артефакта, что и привело Мастер Чифа к Ореолу.