После этого читателю представляются ковенанты и их первые атаки на Внешние Колонии. 23 февраля 2525 года, Военно-Колониальная Администрация ККОН потеряла связь с планетой Урожай (Harvest) после того как колония сообщила о появлении в системе неизвестного объекта. ККОН послало разведывательный корабль «Арго» чтобы разузнать обстановку, но после первого сообщения о прибытии в систему Урожая сообщений от него не поступило. В то же время, 12 сентября 2525 года, спартанцы получили своё первое официальное задание — внедрение на базу колониальных повстанцев в системе Эридан и захват лидера повстанцев, полковника Роберта Ваттса. Задание было выполнено успешно. 7 октября 2525 года, небольшой флот кораблей ККОН, состоящий из эсминца «Геракл» под командованием капитана Вереди и фрегатов «Арабия» и «Восток», вошёл в систему Урожая и обнаружил что вся поверхность планеты была расплавлена в стекло плазменной бомбардировкой с орбиты. Единственный чужой корабль был обнаружен на орбите Урожая, который тут же напал на флот, уничтожив фрегаты и сильно повредив «Геракл». В конце боя корабль чужих послал сообщение по-английски — «Ваше уничтожение — воля Богов… и мы — их инструмент». 1 ноября 2525 года, вице-адмирал Престон Коул мобилизовал самый большой флот в истории человечества чтобы отбить Урожай от ковенантов. После того как новость об атаке на Урожай достигла планеты Предел, старшина Мендез по приказу оставил своих бывших учеников и начал тренировать следующую группу спартанцев. 27 ноября 2525 года на орбите Хи Кита IV спартанцы в прототипах МЬОЛЬНИР-а уничтожили корабль ковенантов изнутри ядерной боеголовкой; при этом погиб один из членов команды, чья броня была повреждена плазменным выстрелом. После этого инцидента командование Третьего отдела приняло решение о том что статус спартанцев в базе данных никогда не будет иметь значение «убит»; вместо этого все погибшие спартанцы считались «пропавшими без вести». Это было сделано для того, чтобы поддерживать моральный дух остальной армии, которые считали спартанцев неуязвимыми. В то же время проект "SPARTAN-II" был рассекречен в тех же целях.

Через шесть лет, в 2531 году, флот вице-адмирала Коула атаковал и уничтожил ковенантов на орбите Урожая (потеряв при этом две трети своего флота). Вернувшись на Землю, теперь уже адмирал Коул узнал, что большинство Внешних Колоний были уничтожены ковенантами. Коул начал перемещать свой флот по колониям, пытаясь перехватить силы ковенантов. Начались ожесточённые наземные и космические битвы по всем Внешним Колониям. За четыре года войны силы Коула были сильно исчерпаны ковенантами, несмотря на его превосходное лидерство и тактический гений. Армия ККОН не имела достаточной огневой мощи чтобы наравне противостоять ковенантам. При боях в космосе, потери ковенантов обычно составляли одну четверть от потерь людей. В 2535 году все Внешние Колонии были уничтожены врагом. Командование флота издало постановление, ставшее известным как Протокол Коула. Он гласил, что все человеческие корабли обязаны во что бы то ни стало убедится в том чтобы ковенанты не установили координаты Земли. Уходя с поля боя, корабли обязаны были прыгать в пространство скольжения в другом направлении от Земли и других важных колоний. Если такой прыжок не был возможен, капитан был обязан самоуничтожить корабль при возможном его захвате ковенантами. Также системы ИИ не могли попасть в руки чужих, поэтому протокол требовал спасение либо уничтожение ИИ при особой необходимости.