Наиболее напряженное время работы над книгой — лето и осень 1846 года (почти половина писем датирована этим годом). Гоголь переделывает письма (возможно, часть из них он сохранил в черновиках, другие были возвращены ему корреспондентами) и пишет новые главы. Одни представляют собой статьи, другие — послания, адресованные конкретным и неким обобщенным лицам. Среди немногих, посвященных в замысел, был Василий Жуковский, которому Гоголь читал две последние главы.

В основе «Выбранных мест…» лежат письма Гоголя реальным лицам, своим друзьям (в общей сложности книга состоит из 31 письма). Все адресаты обозначены в тексте инициалами, большинство которых легко расшифровывается. Например: «Н. М. Я-ву» — Языкову; «А. О. С-ой» — Смирновой-Россет; «В. А. Ж-му» — Жуковскому и т. д.). Готовя книгу, автор просил некоторых адресатов вернуть письма, чтобы воспользовать­ся ими. На сегодняшний день не представляется возможным узнать, вносил ли Гоголь в эти письма редакторские правки, но большинство исследователей склоняется к тому, что такие правки имели место.

Посылая 30 июля (н. ст.) 1846 года Плетневу в Петербург первую тетрадь рукописи, Гоголь требует: «Все свои дела в сторону, и займись печатаньем этой книги под названием: „Выбранные места из переписки с друзьями“. Она нужна, слишком нужна всем — вот что покаместь могу сказать; все прочее объяснит тебе сама книга…» Гоголь настолько уверен в успехе, что советует Плетневу запасать бумагу для второго издания, которое, по его убеждению, последует незамедлительно: «…книга эта разойдется более, чем все мои прежние сочинения, потому что это до сих пор моя единственная дельная книга».

Весьма ощутимый удар нанесла книге цензура: пять писем-статей были исключены вовсе, в других сделаны купюры и исправлены отдельные места. Встревоженный и огорченный Гоголь жалуется графине Анне Михайловне Виельгорской: «В этой книге все было мною рассчитано и письма размещены в строгой последовательности, чтобы дать возможность читателю быть постепенно введену в то, что теперь для него дико и непонятно. Связь разорвана. Книга вышла какой-то оглодыш» (из письма от 6 февраля (н. ст.) 1847 года).

Цензурные мытарства нового произведения Гоголя были осложне­ны тем, что ряд глав «Выбранных мест» попадал под новые правила публикации светских «сочинений и переводов, заключающих в себе предметы духовные, в каком бы виде они ни были». Вердикт, вынесенный духовным цензором, был краток и малоутеши­телен. Размашистым почерком, густыми чернилами поперек рукописных гоголевских листов он начертал: «Не может быть напечатано, потому что понятия о Церкви Русской и духовенстве конфузны. Цензор протоиерей Тимофей Никольский. Окт. 1-го 1846 года». Особенно резко звучит этот отзыв на фоне непоколебимой веры самого Гоголя в истинность созданного им образа православного русского духовенства. В письме П. А. Плетневу от 16 октября (н.с.) 1846 года Гоголь писал: «Если же дойдет до духовной цензуры, то этого не бойся. Не делай только этого официальным образом, а призови к себе духовного цензора и потолкуй с ним лично; он пропуст<ит> и скорей, может быть, чем думаешь. В словах моих о церкви говорится то самое, что церковь наша сама о себе говорит и в чем всякий из наших духовных согласен до единого».

Занимавшийся изданием «Выбранных мест» Петр Плетнев отреагировал на «приговор» духовной цензуры мгновенно. 1 октября 1846 года, то есть в тот же день, когда прот. Тимофей Никольский поставил свою запрещающую роспись на гоголев­ской рукописи, он обратился с письмом к обер-прокурору Священного Синода графу Протасову. Благодаря обращению Плетнева на заседании Св. Синода 16/18 октября 1846 года было принято определение: «поручить Санкт-Петербургскому Комитету ду­ховной цензуры дать от себя разрешение на напечатание оных [писем] с нижеследующими в них изменениями, указанными в особо снятой и скрепленной в канцелярии Св. Синода копии тех писем».