Начавшаяся покемономания подвигла Nintendo вернуться к выпуску игральных карт и игрушек. Новое направление бизнеса принесло компании огромную прибыль. Подкрепленные популярным мультфильмом, стали появляться различные продукты под лицензированной Nintendo маркой Pokemon: футболки, комиксы, мягкие игрушки, сумки, видеокассеты.

Карточная игра Pokemon стала не менее популярным развлечением, чем видеоигры. Концепция игры была схожа с другими «боевыми» карточными играми. Игроку необходимо было собирать и обмениваться картами для того, чтобы в итоге обладать самой полной колодой карт с покемонами.

Эра GameCube

В 1999 году 12 мая, за день до открытия выставки Electronic Entertainment Expo (E3), компания Nintendo на пресс-конференции официально заявила, что ведутся работы над приставкой нового поколения под названием Dolphin (позже она была переименована в GameCube). Были объявлены партнеры компании по проекту, включая такие крупные корпорации, как Matsushita (Panasonic) и IBM. Была дана краткая спецификация системы, и Nintendo объявила, что Dolphin будет использовать в качестве носителя информации Mini-DVD, которые разработала Matsushita.

В 2000 году на выставке Space World были представлены портативная 32-битная игровая система Game Boy Advance и домашняя приставка нового поколения GameCube. Там же были обнародованы полные технические характеристики Game Boy Advance, представлены периферия и первые игры. Консоль вышла 21 марта 2001 года в Японии и 11 июня 2001 года в США. Game Boy Advance полностью совместима со всеми предыдущими версиями Game Boy и может взаимодействовать с GameCube.

Эра Nintendo DS

Nintendo DS, также известна как NDS или DS, также iQue DS в Китае — портативная игровая система, выпущенная в 2004 году. Узнается по своему горизонтальному дизайну раскладушки, который является возвращением к Game & Watch, и наличию двух TFT LCD экранов, нижний из которых является сенсорным. У системы также есть встроенный микрофон и поддержка беспроводного стандарта IEEE 802.11b/g WiFi, который позволяет соединять консоли между собой на расстоянии в 10-30 метров, или с помощью службы Nintendo Wi-Fi Connection.

Буквы «DS» в названии расшифровываются как Dual Screen и как Developers' System. Во время разработки система была известна как Project Nitro.

Эра Wii

В июне 2004 года, на внутрикорпоративном брифинге, Сатору Ивата объявил о том, что компания работает над абсолютно новой системой под кодовым названием «Revolution». В разработке системы самое активное участие принимали Сигэру Миямото и команда инженеров под руководством Гэнъё Такэды. Впервые на публике, на выставке TGS в 2005 году, был показан лишь контроллер новой консоли. В мае 2006 года, на E3, была показана вся консоль целиком, и было объявлено официальное название консоли — Wii. Изначально консоль вышла на американском рынке 19 ноября 2006 года по цене в 249 долларов. В 2007 году консоль стала лучшей по продажам на территории Японии и США. На июль 2012 года по всему миру консоль Wii была продана в количестве 96,56 миллионов консолей, став таким образом самой успешной консолью Nintendo.

Эра 3DS

Впервые консоль была анонсирована 23 марта 2010 года, и уже была показана на выставке E3 15 июня 2010 года. Главное отличие Nintendo 3DS от своей предшественницы Nintendo DS заключается в возможности отображения стереоскопических, трехмерных эффектов без использования сторонних средств. В продажу новая консоль вышла сначала в Японии (26 февраля 2011 года), затем в Европе (25 марта 2011 года), а затем в Северной Америке (27 марта 2011 года). Не слишком удачные продажи консоли из-за высокой цены и небольшого количества игр вынудили руководство компании снизить цену на устройство, что подстегнуло дальнейшие продажи, и снизило стоимость акций Nintendo. Это привело к убыткам компании, случившиеся впервые за последние 30 лет. К концу 2011 года, с выходом таких игр, как «Super Mario Land 3D» и «Mario Kart 7», система стала пользоваться все большей популярностью и к середине 2012 года, общее количество проданных в мире 3DS превысило 19 миллионов устройств. 28 июля 2012 года, в Японии и Европе и 19 августа 2012 года в США в продажу поступила улучшенная версия Nintendo 3DS — Nintendo 3DS XL.

Эра Wii U

Впервые была анонсирована 7 июня 2011 года на пресс-конференции Nintendo на E3 2011.Игровая приставка будет преемником Wii.Выход игровой консоли в США намечен на 18 ноября 2012 года.В Евросоюзе консоль выйдет 30 ноября 2012 года,а в Японии 8 декабря.Особенностью Wii U является новый контроллер, который может продолжать игру даже тогда, когда телевизор выключен.Уже известно,что несколько компании подтвердили то,что их игры выйдут на консоль.Подтверждённые игры — LEGO City Stories,Mass Effect 3 (портирование с других платформ), Darksiders 2, New Super Mario Bros. U, новые игры серий Super Smash Bros. ,Pikmin 3, Assassin’s Creed III, Sonic & All-Stars Racing Transformed, Aliens: Colonial Marines, Ghost Recon Online, Bayonetta 2, ZombiU и Rayman Legends.

Деятельность

Выручка компании в финансовом году, закончившемся 31 марта 2013 года, составила 635,4 млрд иен ($6,4 млрд), чистая прибыль — 7,1 млрд иен ($72 млн.).

Влияние на субкультуру

Под воздействием торговой марки Nintendo сложилась субкультура фанатов этой компании, увлекающихся выпускаемыми ею игровыми консолями и играми. Таких фанатов в Рунете называют марио-боями (Mario Boy), а в англоязычной среде распространено название «Nintendo fanboy». Как правило, эти лица проводят свободное время в интернет-форумах, обсуждая видеоигры и темы, касающиеся продукции Nintendo. Прозвище родилось в форумных противостояниях между фанатами Nintendo и теми, кто не признаёт продукцию компании, считая её детской и недостаточно серьёзной. Изначально придуманный как оскорбление, термин Mario Boy быстро прижился и через некоторое время был принят самими марио-боями.