Тем временем, в мире Аместриса тоже прошло два года. Рой Мустанг, потерявший глаз в бою с полковником Арчером, стал офицером полиции и живёт в глуши в полном одиночестве. Алхимией он больше не пользуется, помня о том сколько людей погибло по его вине. Учитель братьев Элриков, Изуми Кёртис, умерла, сказав за два месяца до своей смерти, что ей больше нечему учить Альфонса Элрика. Ал, ставший со временем очень похожим на брата, странствует по свету, по прежнему веря, что найдёт Эда.

Майор Алекс Луис Армстронг приезжает в город Лиор, обещая жителям, что сделает из него «жемчужину Востока». Обществу Туле удаётся открыть Врата. Бронированные солдаты, пройдя через них погибают и оказываются в Лиоре в виде зомбиподобных существ. Альфонс Элрик сливает часть своей души с некоторыми доспехами прибывших солдат и заставляет их вступить в бой с агрессорами. Одновременно в Централе происходит сильнейшее землетрясение. Нападение отбито, но портал вновь заработал, втягивая обратно на Землю мёртвых солдат в доспехах. Ал хочет отправиться за ними, но его останавливает Роза Томас.

В Германии неспокойно, многие недовольны Версальским миром, недавней оккупацией Рура и начавшимся кризисом, всё больше немцев хотят возрождения прежней, сильной и богатой Германии. Среди недовольных и Общество Туле, на которое теперь работает Альфонс Хайдерих. Эд узнаёт что профессор Хаусхофер состоит в Обществе Туле. Он проникает на виллу профессора и случайно вновь открывает Врата, возвращая мёртвых солдат на Землю. Эдвард натыкается на доспехи в которые его брат поместил часть своей души. Эккарт жалеет, что Эд не будет с ними сотрудничать, но командир боевиков Туле Рудольф Гесс предлагает использовать цыганку Ноа. Воссоединение братьев оказалось кратким, так как душе Альфонса приходится возвращаться в своё тело, но он успевает рассказать о себе и их родном мире. Ланг приглашает Эдварда в Берлин, где рассказывает о Хаусхофере и его идеях, а также о том, что Общество Туле сотрудничает с нацистами. По словам Ланга нацисты готовят в ноябре путч, для чего им нужно оружие из другого мира. Он показывает Эдварду фотографию ядерной бомбы, тот узнаёт то самое оружие которое видел у безумного учёного в своём родном мире. Эд обещает, что не позволит больше открывать Врата. Между тем, в Мюнхене, Общество Туле убеждает Ноа помочь узнать как правильно открыть Врата, для чего она, пока Эдвард спит, читает его воспоминания.

Ал и гомункул Гнев приходят в подземный город под Централом. Ланг спасает Эдварда от нацистов и вдвоём они отправляются на виллу Хаусхофера. Общество Туле торопится вновь открыть Врата, им надо успеть к 8 ноября, чтобы помочь нацистам свергнуть правительство и доказать Гитлеру свою нужность. Тем временем, Уинри Рокбелл и Ческа в поисках Ала спускаются в подземный город. Ал в свою очередь пытается открыть Врата, когда на Гнева нападает гомункул Обжорство. Эд проникает в тайную лабораторию Туле, где должны открыться Врата. Гнев, схваченный Обжорстовм, требует от Ала преобразовать их обоих для того чтобы открыть Врата. Одновременно Хоэнхайм жертвует жизнью, чтобы преобразовать Зависть и дать Эдварду возможность вернуться домой. Врата открылись.

Хайдерих тайком от Туле сажает Эда в кабину реактивного самолёта, чтобы тот мог улететь через Врата домой, и запускает его, после чего был убит Гессом. Воздушный корабль Туле прорывается в другой мир, где Эккарт получает способность использовать алхимию. Эдвард вернулся в родной мире и воссоединился с Алом и Уинри, снабдившую Эда новой автобронёй. Солдаты Туле атакуют Централ. Военные Аместриса не могут сдержать их даже при помощи Армстронга, но в бой вступает Рой Мустанг, взяв командование на себя. С Земли прибывают новые корабли, которые пытается уничтожить Эдвард. Мустанг и братья Элрики вступают в бой с Эккарт. Та объясняет Эдварду, что решила уничтожить его мир, так как алхимия Аместриса сильнее науки Земли. Она приказывает своим бронированным воинам убить Эда, но ещё раньше Ал наделил доспехи солдат частью своей души, взяв их под свой контроль. Нападение отбито, Централ спасён.