Тем временем на розыскном судне Кусанаги обнаруживают дрейфующий атолл у восточных берегов Филиппин. В ширину странный объект достигает 45-60 м. Его тщательно обследуют, сканируют. Исследуя его поверхность, Яномори и его помощники находят там множество странных маленьких предметов из неизвестного металла изогнутой формы, а также край необычной плиты, выглядывающей из камней. Её пытаются выкопать, но она внезапно становится тёплой и разваливается, а весь атолл приходит в движение. Слой камней начинает откалываться и вот становится различима чья-то огромная голова с одного конца. Странный объект оказывается гигантской черепахой Гамерой.

Яномори прибывает на побережье и направляется к начальнику комитета предупредить о приближении к Фукуоке морского гиганта, но его слова никто не воспринимает всерьёз. Гяосы снижаются внутрь стадиона и кормятся приготовленным для них мясом со снотворным. Купол стадиона начинает закрываться, и Гяосы пытаются улететь, но их усыпляют транквилизаторами, только одному из трёх существ удаётся покинуть стадион.

В этот момент из бухты появляется Гамера и уничтожает взлетевшего Гяоса. Черепаха приближается к стадиону, круша все городские постройки на своём пути. Пока власти проводят эвакуацию населения, два Гяоса пробуждаются в клетках. Они разрезают прутья клеток ультразвуковыми лучами и вылетают на свободу как раз в тот момент, когда Гамера почти до них добралась. Гамера поднимается в воздух и, вращаясь наподобие летающей тарелки, улетает следом за Гяосами.

Яномори гостит у Кусанаги и его дочери Асаги. Вместе они догадываются о расшифровке странных рун на плите, которую успели сфотографировать незадолго до того как она обрушилась и появилась Гамера. Начертанное на ней странное пророчество о появлении Гамеры «из колыбели времени к моменту появления тени зла» приводит в недоумение всех троих. После недолгих рассуждений они приходят к выводу, что Гамера очнулась на дне Тихого океана из-за активной добычи там плутония. Это отчасти объясняет, откуда черепаха берёт энергию для полёта. Яномори дарит Асаги найденный металлический предмет на спине Гамеры.

Нагаминэ снова отправляется на Химигами, там она к величайшему расстройству обнаруживает погибших Гяосов, которые загрызли друг друга из-за нехватки пищи. Разведочная экспедиция отправляется в горы Кисо, Яномори и Кусанаги – за ней. В скором времени там, вблизи местной деревни появляется гигантский взрослый Гяос, который пожирает людей. Яномори и Нагаминэ спасают от гибели деревенского мальчика на мосту, при этом Гяос едва не срезает мост своим лучом. В критический момент появляется Гамера и выстреливает огненным шаром в Гяоса. Тот погибает, но его сменяет другой Гяос. Гамера получает тяжёлую травму, но заслоняет собой мост, на котором у людей случилась задержка. Подождав, пока все не спасутся, Гамера взлетает и начинает преследовать Гяоса. Яномори приходит к выводу, что Гамера на стороне людей в этом противостоянии монстров. Ничего не знающие силы самообороны подбивают Гамеру ракетой и она снижается у Фудзиямы.

В это время Асаги, находящаяся в поезде эвакуации начинает чувствовать себя плохо. Её поезд останавливается ближе конечной станции, и Асаги поезжает на такси к Фудзияме, где начинается пальба по черепахе. По необъяснимой причине Асаги чувствует боль в своём теле, когда Гамеру ранят в очередной раз. По прибытии на нужное место Асаги начинает понимать, что её жизнь теперь зависит от состояния Гамеры. Гамера падает в лесу, подбитая ракетами, и внезапно появляется Гяос. Он ранит Гамеру своим лучом в левую переднюю лапу и в этот момент на левой руке Асаги появляется кровоточащая рана. Гамера успевает увернуться от новой атаки монстра и улетает, спасаясь и от Гяоса и от артиллерийских войск на дно океана.