В лаборатории специалисты ликуют и поздравляют друг друга с окончанием операции. Однако звонок от таинственного Режиссёра обрывает их веселье. Марти выжил, и он спасает Дану. Они спускаются на лифте вниз, в высокотехнологичное подземелье под хижиной. В лаборатории специалисты предполагают, что марихуана, которую курил Марти, притупила его восприимчивость к воздействию применяемых ими веществ. Они поднимают тревогу. Марти и Дана обнаруживают в подземельях целый зоопарк монстров, запертых в боксах: оборотня, привидение, зомби, маньяков в масках, напоминающего сенобитов из серии «Восставший из ада» демонического мужчину с дисковыми пилами в голове и знакомым предметом в руках и девочку с набором пастей вместо лица, гигантскую летучую мышь, десятиметровую кобру, паукообразное существо, имеющее на конечностях циркулярные пилы, газообразных существ разных видов, хирургов, обитателей психушки, карликов-каннибалов, клоуна-мясника, кучу зомби и им подобных. В самом низу их пытается задержать охранник с пистолетом, но Марти и Дана уходят от него, завладев оружием. Спецназ блокирует студентов в комнате с пультами управления, и Дана нажимает на кнопки, выпуская в коридоры лаборатории одновременно всех монстров.

Пока монстры преследуют и убивают охранников и персонал, Марти и Дана спускаются ниже, в зал с изображениями пяти фигур, и разговаривают с Режиссёром (Сигурни Уивер). Как оказывается, хижина и лаборатория были построены ради жертвоприношений, чтобы умилостивить древних богов, спящих в недрах Земли, и если те проснутся, настанет конец света. Режиссёр требует от Даны убить Марти, чтобы завершить ритуал. С вмешательством оборотня и девочки-зомби Режиссёр погибает, а тяжелораненные Дана и Марти досиживают последние отпущенные миру минуты, затягиваясь косяком с марихуаной. Наступает рассвет, и из-под хижины в лесу вырывается гигантская рука древнего бога (очень похожа на руку титана Кроноса из фильма «Гнев титанов»). Существует также альтернативная концовка, (режиссёрская версия) в которой Дана всё-таки убивает из пистолета Марти, и Режиссёр, выхватив пистолет, хотела было убить Дану, но напавший оборотень улетел в бездну вместе с Режиссёром; вся измотанная Дана просит прощения у убитого Марти, замечает в кармане марихуану, достает её, садится на лестницу и закуривает, понимая, что спасла мир, но потеряла всех своих друзей.

Критика

Фильм получил положительные отзывы кинокритиков. На сайте Rotten Tomatoes собрано 74 рецензий, из них 92 % положительных.

Роджер Эберт дал фильму три звезды из четырёх, похвалив оригинальность и непредсказуемость фильма: «Этот фильм не идеален; он настолько неровен, что практически состоит из сплошных дыр. И все же он захватывает — потому что уходит далеко от торных троп. Могу только представлять, как хихикали создатели, в вольном полете мысли дописывая в сценарий одну безумную идею за другой. Они устанавливают правила для того, чтобы их нарушать». Эберт, кроме того, назвал фильм «головоломкой для поклонников жанра», соблазняющей их искать отсылки к другим фильмам, деконструированные условности и размышлять, не является ли весь фильм актом критики.

Рекс Рид, обозреватель The New York Observer, в своей рецензии подверг фильм уничижительной критике, посчитав неудовлетворительными актерскую игру и особенно сценарий, который он назвал «свидетельством чудес писательства под метамфетамином». По его словам, даже такие трэш-фильмы, как «Люди против зомби» и «Я плюю на ваши могилы» по сравнению с «Хижиной в лесу» «смотрятся Мольером и Прустом». Единственной положительной стороной фильма Рид счел дизайн монстров.