Между тем происходит ещё одно загадочное происшествие. Дзюнко, подруга Акико, возвращаясь вечером домой на велосипеде, обнаруживает вблизи шоссе обезглавленный труп лошади. Асидзава, через несколько часов прибывший на место происшествия, обнаруживает лошадь уже высоко на дереве, а рядом видит странные следы, похожие на отпечатки плавников плезиозавра, древней рептилии, вымершей много миллионов лет назад.

На следующий день в городе проходит традиционный «праздник Дракона». На берегу и в лодках праздная публика ест чипсы и мороженое, на большом понтоне построена эстрада, где на фоне декораций с изображением дракона играет рок-группа. Местные студенты, желая сделать празднику рекламу, распространяют слухи о динозаврах, которых видели в окрестностях. В самый разгар праздника сильный удар неожиданно сотрясает эстраду, люди падают в воду, а недалеко от берега на поверхности появляется плавник чудовища. Начинается паника, но быстро выясняется, что плавник фанерный, его буксируют по воде два пловца-студента.

Однако когда пловцы приплывают в укромную бухту и пытаются выйти из воды, чудовище впервые появляется во всей красе — огромный массивный хвост, которым оно переворачивает лодку, 20-метровая шея и голова с огромными зубами. Впрочем, по меркам «Парка Юрского периода», спецэффекты достаточно простые и наивные, морда динозавра статичная, напоминающая скорее кукольный театр.

Далее следует эротическая сцена, невиданная для привыкшего к пуританскому кино советского зрителя. В лесу в небольшом домике на территории лагеря скаутов голая японка принимает душ. Затем она же, в лифчике, вытирает мокрые волосы, стоя спиной к окну, в котором неожиданно появляется зловещий силуэт головы чудовища. Чудовище проламывает потолок дома и хватает девушку.

В тот же день в пасти чудовища погибает Дзюнко. Динозавр перекусывает её пополам, и Акико, вернувшаяся на лодку после погружения, с ужасом обнаруживает в воде верхнюю часть тела подруги.

После всех этих ужасных событий в городе начинается паника. Туристы массово покидают городок, а власти с помощью армии устраивают поиски чудовища с использованием быстроходных катеров, вертолётов, подводных камер и новейшей гидроакустической станции. Одновременно в городке собирается пресс-конференция, на которой присутствуют учёные, светила японской палеонтологии. Присутствующий здесь же Асидзава рассказывает о гипотезе своего отца — в озере в состоянии спячки миллионы лет существуют плезиозавры, которые просыпаются только накануне извержений вулкана Фудзияма. Главный оппонент Ашизавы, профессор Сакаи, высмеивает эту гипотезу.

Поиски чудовища заканчиваются безрезультатно. Несмотря на гибель шести местных жителей, военные покидают городок.

На следующий день Асидзава решает увидеть динозавра своими глазами. Он надевает акваланг и отправляется на поиски. Акико ждёт его на берегу. Тем временем староста деревни идёт на крайние меры — приказывает бомбить воды озера глубинными бомбами. Опасаясь за жизнь Асидзавы, Акико надевает акваланг и плывёт на поиски возлюбленного. Спасаясь от глубинных бомб они случайно заплывают в подводную пещеру. Как оказывается в дальнейшем, пещера ведёт в пещеру с яйцами динозавра, показанную в начале фильма.

Между тем в пещеру в сопровождении Сёхэи Муку спускается неназванный энтузиаст-исследователь динозавров, который лелеет собственную теорию, что в пещерах в латентном состоянии могли сохраниться яйца птерозавров. Они находят яйцо как раз в тот момент, когда из него вылупливается динозавр. Из метрового яйца появляется полутораметровая когтистая лапа и разрывает энтузиаста на части. Вскоре та же участь постигает старика Муку. Через некоторое время в пещере появляется Асидзава с Акико и обнаруживают два свежих трупа. А динозавр вырывается на свободу и начинает творить своё чёрное дело. Это рамфоринх (в русском переводе фигурирует птеродактиль) — хищный летающий Птерозавр. На бреющем полёте он проносится над деревней и огромной когтистой лапой хватает одного из местных жителей. Начинается беспорядочная стрельба по чудовищу, в результате которой одна из пуль попадает в склад глубинных бомб и происходит взрыв страшной силы.