Из-за этих исследований Питер забывает забрать тётю Мэй с работы, в результате чего ссорится с дядей Беном и уходит из дома. Он идёт в ночной магазин, где спорит с продавцом из-за покупки. И когда магазин сразу после этого грабят, Питер отказывается помочь поймать грабителя. Дядя Бен, разыскивающий Питера, пробует остановить преступника и получает смертельное ранение. Паркер хочет найти убийцу дяди и отомстить, поэтому начинает патрулировать город и ловить преступников. Вскоре он создаёт себе костюм и пускатели синтетической паутины. Полиция объявляет борца с преступностью, известного как «Человек-паук», нарушителем закона и выдаёт ордер на его арест.

Тем временем доктор Раджит Ратха, начальник Коннорса, приказывает начать испытания формулы регенерации на людях, чтобы быстрее получить лекарство для умирающего Нормана Озборна, главы «Оскорпа». Когда Коннорс отказывается, Ратха увольняет его, и Коннорс, чьей главной целью являлось восстановление потерянной руки, понимает, что может лишиться этого шанса, рискует и вводит формулу себе. Рука действительно отрастает и Коннорс спешит остановить Ратху, который хочет тайно испытать формулу в больнице.

Гвен приглашает Питера к себе домой на ужин с семьёй, на котором открывается, что отец Гвен, Джордж Стейси — капитан полиции. Он спорит с Питером о роли Человека-паука и рассказывает, что супергерой мешает тайным полицейским операциям. Питер и Гвен выходят на улицу, где молодой человек раскрывает тайну своей двойной жизни и целует возлюбленную.

В это время вызывают капитана Стейси — на Вильямсбургском мосту бесчинствует огромная рептилия. Питер также спешит на помощь, ему удаётся прогнать двухметрового Ящера и спасти людей, в том числе маленького мальчика Джека. На следующий день Паркер приходит к Коннорсу в лабораторию, чтобы узнать, как можно выследить такую рептилию. Генетик выпроваживает юношу под предлогом секретного эксперимента. Питер замечает, что мышь, которой внедрили геном ящерицы, превратилась в существо, подобное пресмыкающимся, и понимает, что Коннорс вколол себе формулу и стал Ящером.

Питер пытается объяснить это капитану Стейси, но тот его не слушает. Тогда Питер решает выследить монстра самостоятельно, он догадывается, что рептилию надо искать в канализации. Человек-паук спускается туда и подвергается нападению Ящера. Супергерой вынужден отступить, а мутировавший Коннорс находит фотоаппарат с подписью Питера Паркера и нападает на него в школе, но тому удаётся отбиться и прогнать монстра. У Человека-паука получается проследить Ящера до его логова и узнать его план: распылить мутаген по всему городу и превратить слабых людей в более совершенных рептилий. Питер звонит Гвен и просит приготовить антидот, потом бежать из башни «Оскорпа», так как именно там находится распылитель. Спецназ нападает на Ящера, но тот отбивает атаку, попутно заражая спецназовцев мутагеном. Человек-паук спешит к башне, но попадает в ловушку полиции. Джордж Стейси снимает маску с захваченного супергероя и узнаёт в нём бойфренда своей дочери. Питер уговаривает капитана отпустить его, объясняя, что только он сможет остановить Ящера. Но один из полицейских ранит Паука и тот с трудом скрывается, сильно ослабев от ранения. Один из строителей, оказавшийся отцом Джека, решает помочь ему и вместе с коллегами выставляет стрелы подъёмных кранов вдоль улицы, помогая герою добраться до башни «Оскорпа».