«Последнее искушение Христа» с бюджетом в 6.7 млн можно назвать арт-хаусом. Несмотря на то, что студия Universal, в сущности, снимала её себе в убыток, представители компании встали на защиту творения Скорсезе. Понимая, что картина станет объектом ожесточенной критики, режиссёру прежде всего дали возможность спокойно закончить фильм. Далее компания провела несколько встреч с прессой, организовала серию статей в защиту фильма, пытаясь успокоить страсти. С этой целью Universal даже наняла группу политтехнологов, которые участвовали в предвыборной программе Майкла Дукакиса.

Основатель движения Campus Crusade for Christ Билл Брайт отозвался о фильме и режиссёре так: «Историю о Христе, который мечтает слезть с креста, дабы вступить в сексуальные отношения с Марией Магдалиной, снял психически больной, одержимый алчностью человек». Брайт даже предложил начать сбор средств с тем, чтобы выкупить негатив фильма и уничтожить . Представители компании Universal ответили на это выступление открытым письмом, где сообщалось о том, что подобные заявления — прямое покушение на свободу слова, оговорённую Первой поправкой .

К хору критиков присоединились известные американские проповедники Джерри Фалуелл и Дональд Уилдмон . Режиссёр Франко Дзефирелли, узнав о том, что «Последнее искушение…» попало в конкурсную программу Венецианского кинофестиваля, снял с показа свою картину «Молодой Тосканини». Прокат фильма сопровождался беспорядками и акциями протеста. В Денвере неизвестные проникли в кинотеатр, повредили экран и выкрали копию фильма.

Влияние кампании сказалось на прокатной судьбе фильма. Крупнейшие сети кинотеатров США Edwards Theatres, General Cinemas, United Artists (всего около 3500 кинотеатров по стране) отказались принять картину в прокат. В нескольких крупных городах США (в их числе Нью-Орлеан, Оклахома-Сити и другие) противники добились запрета выпуска фильма в прокат.

Примечательно, что многие из критиков картины признавались в том, что не видели её. Так, католик архиепископ Лос-Анджелеса Роджер Махоуни назвал фильм «морально оскорбительным», хотя сам его так и не посмотрел.

Споры вокруг фильма продолжились и много позже, когда фильм вышел в прокат и телевизионный эфир других стран. В британском телеэфире фильм впервые был показан только в июне 1995 года. 5 ноября 1997 патриарх Московский и всея Руси Алексий II и Священный синод Русской православной церкви выступили против показа фильма в эфире телеканала НТВ, поскольку, по мнению Русской церкви, показ фильма «нарушает нормы российского законодательства и общественной нравственности» . Протодиакон Русской Православной Церкви Андрей Кураев назвал телевизионную трансляцию фильма в 1997 году в России по каналу НТВ оскорблением чувств верующих и «кощунством».

Но не только с точки зрения верующих кощунственен этот фильм. Заведомо заниженное прочтение Евангелия поддерживает более широкое и мощное антикультурное движение. Жажда опошлить, опоганить все то, что высоко, характерна для нынешнего мещанства. Пушкин оказывается интересен не своей поэзией, а своим «донжуанским списком»; о Чайковском чаще вспоминают в связи с проблемами сексуальных меньшинств… Вот и Христа так хочется затащить в постель — представить «таким же, как и мы».

Были также отдельные голоса и в защиту фильма. Теолог Уильям Телфорд писал о главном герое как «самом утончённом и религиозном, хотя и самом противоречивом кинематографическом Христе», посетовав на то, что шумиха вокруг фильма отпугнула и уменьшила число зрителей, которые могли бы убедиться: ничего особенно крамольного в фильме нет.

В 2012 году депутат российской партии ЛДПР Александр Старовойтов подал запрос в Генпрокуратуру РФ с целью проверки картины на наличие экстремистских сцен. Эксперты Российского института культурологии во главе с Кириллом Разлоговым не обнаружили в ленте Скорсезе ничего запрещённого.