Воздух

Артика: Королева ледянников. Холодна, как и её владения. Не любит чужаков. Враждует с Мерлином и Каррисой.

Сторм: Повелитель драконов и ветров. Создал и возглавляет драконидов. Действует скрытно, был замечен в числе мятежников только под конец игры и далее появлялся очень редко. Именно по его приказу драконы напали на дирижабль Мерлина в самом начале. Как уже говорилось, Сторм - один из магов-мятежников.

Земля

Маб: Возглавляет гоблинов, для которых является Матерью Земли. Предпочитает не вмешиваться в дела наземного мира и вовсю борется с гномами за власть в подземном мире. Одна из магов-заговорщиков.

Фангир: Энергичный гном, желающий раскрывать новые тайны земли. Мудрый изобретатель, любит работать с камнем и вообще, обрабатывать землю. Научил гномов уважать землю, своим изобретениям, стал их вождём.

Тьма

Некрон: Повелитель мёртвых, движимый жаждой власти и желанием очистить мир от живых. Некрон бледен, его тонкие руки и ноги похожи на кости скелета, а лицо на скалящийся череп, что ещё раз подчёркивает его родство со смертью. Один из магов-заговорщиков.

Арахна: Королева пауков, всюду расставляющая сети и поджидающая охотников за сокровищами. Тёмные эльфы считают её богиней и поклоняются ей. Арахна недоверчива, скрытна. Предпочитает не вмешиваться в дела других народов, оставаясь в стороне.

Меандор: Также известен по событиям первой age of wonders. Всё это время проводил в погребальных залах тёмных эльфов, в цитадели Арахны. За все эти годы характер Меандора изменился, и его ненависть к людям исчезла. Помогал Мерлину освоить магию тьмы и бороться с мятежниками в одной миссии.

Космос

Габриэль: Он был Владыкой магов Вечного Края ещё со времён правления Иниоха. В отличие от Иниоха, его положение было крепко, однако теперь оно пошатнулось. Габриэль стар, и ему нужен преемник. На эту роль он избрал Мерлина. Именно Габриэль спас Мерлина от смерти во время крушения дирижабля.

Мерлин: Главный герой игры. В начале был молодым королём людей и обучался магии Света. Но вскоре ужасные бедствия обрушились на его королевство. Он собрал группу уцелевших людей, взял дирижабль, и полетел в Долину Чудес, единственное безопасное место. Однако на дирижабль напали драконы Сторма и Мерлин утонул. Но Габриэль вернул его к жизни. Взамен Габриэль попросил помощи в борьбе с мятежниками. По плану Габриэля, Мерлин должен овладеть всеми сферами магии и в конце - сферой космоса. Огонь, воду, свет, воздух и землю Мерлин познал при помощи Габриэля, тьмой ему помог овладеть Меандор. В конце, ему предстоит освоить магию космоса, выступить против всех шестерых предателей во главе с Джулиохом и спасти королеву Джулию.

Ресурсы

У игрока два вида ресурсов: золото и мана. Золото расходуется на постройку зданий, покупку и содержание войск, мана — на применение заклинаний и поддержания их эффектов. Также ресурсом может считаться магическая сила, которая ограничивает количество и уровень заклинаний за один ход.

Поселения

Под контролем игрока находятся поселения и различные здания, приносящие доход. В Wizard’s Throne появилась возможность строить собственные поселения.

Существа и герои

Войска игрока путешествуют по карте отрядами по 8 юнитов в каждом. В бою участвуют отряды с 6 шестиугольников, прилегающих к шестиугольнику, который атакуется, и непосредственно атакованный отряд.

Каждый юнит и герой набирают опыт за убийство противника. Юниты получают медали (серебряную и золотую) при достижении определенных значений полученного опыта. Вместе с медалью юнит получает прибавку к параметрам и новые способности.