В центре плато Алиса обнаруживает одну из частей Одноглазого Бармаглотового жезла. Пройдя через открывшуюся в стороне решётку, протагонистка слушает голос таинственного оракула, доносящийся из пещеры. Она узнаёт, что для победы над Червонной Королевой нужно сначала уничтожить её стража — Бармаглота, для этого нужно найти и соединить три части Бармаглотова жезла, с помощью которого и осуществится уничтожение стража. Оракул сообщает, что в поиске частей может помочь бледный король, и Алиса отправляется в шахматное королевство.

Шахматное королевство и Зазеркалье

Пройдя через заслоны вражеских красных шахмат и добравшись до дворца бледного короля, Алиса наблюдает, как красные шахматы утаскивают бледную королеву. Встретившись с главной героиней, бледный король просит её помочь спасти королеву. Он даёт пешку и просит Алису дойти туда, где пешка станет королевой. Алиса не успевает спасти королеву — последней отрубают голову. Протагонистка доходит до конца «партии», где расправляется с красным королём и вытаскивает пешку, которая превращается в новую королеву. Однако появившийся Шляпник ударяет Алису по голове.

Девушка просыпается в больнице. Пробравшись через коридоры заведения, Алиса побеждает близнецов-санитаров Траляля и Труляля. После диалога со Шляпником протагонистка попадает в Зазеркалье.

По дальнейшему пути Алиса встречает Мартовского зайца и Соню, ставших жертвами экспериментов Шляпника, а также пленённого Грифона. От них в совокупности девушка получает информацию о жестокости Шляпника в новой Стране чудес. Наконец Алиса находит второй фрагмент жезла Бармаглота (Посох) и вступает в схватку со Шляпником. Убив его, протагонистка освобождает Грифона, который предлагает ей свою помощь в бою с Червонной королевой. Грифон приносит Алису на Землю Огня и Серы, в обитель Бармаглота. По словам Чеширского кота, последнюю часть жезла — глаз — Алиса может отобрать только у самого Бармаглота. Грифон отправляется искать других союзников, а девушка идёт к стражу.

Встретившись, Бармаглот разговаривает с Алисой. Он обвиняет девушку в том, что она, чувствуя запах дыма, не проснулась, не захотела покидать Страну чудес, которая ей снилась, и не предупредила родителей, находящихся в другой части дома, о пожаре, в результате чего они погибли. После окончания диалога происходит схватка. На помощь Алисе прибывает Грифон, который лишает Бармаглота глаза, после чего сам страж улетает. Грифон поручает главной героине поход на замок Червонной королевы, затем улетает за Бармаглотом с намерением остановить его. Алиса берёт глаз, получает готовый к работе жезл и следует совету Грифона.

Страна Червонной Королевы

Пройдя длинную цепь препятствий на подходах к замку Червонной Королевы, Алиса выходит на открытое пространство, где сходятся в воздушной схватке Бармаглот и Грифон. Бармаглот побеждает. С помощью жезла девушка убивает стража, после чего разговаривает с умирающим Грифоном, который поручает ей последнюю битву — против Червонной Королевы.

{{Врезка

|Ширина = 200px

|Выравнивание = left

|Содержание = Некоторым частям замка Червонной Королевы создатели игры хотели придать вид, будто они сделаны из плоти. Другие элементы были вдохновлены реальными готическими соборами.

}}

Алиса пересекает замок, отбиваясь от Карточной стражи. На входе в зал Королевы появляется Чеширский кот. Он решает сказать протагонистке правду, не думая о последствиях для самого себя. По его словам, в схватке Алисы и Червонной Королевы остаться должна только одна из них. После фразы «вы — две части единого целого» Чеширский кот погибает — Королева отрубает ему голову своим щупальцем. Алиса проходит в открывшуюся дверь. Она видит трон с разместившейся на нём Червонной Королевой, которая затем поднимается (преградив главной героине дорогу к трону) и начинает схватку с Алисой. Девушка одерживает победу над телом Королевы, которое затем исчезает в троне. Подойдя к трону, Алиса видит, как к ней опускается настоящее лицо Королевы. Антагонистка говорит, что является единственной правительницей Страны чудес, что её королевство не предназначено для детей. Она советует Алисе уйти, поскольку, убив Королеву, девушка уничтожит и себя. Алиса принимает решение об уничтожении монстра и реализует его.