Коннор находит Ли в баре, и, выпив глоток из бутылки, пронзает своим ножом грудь Ли. Герой берет медальон Хэйтема с тела Ли и возвращается к своему племени в деревню, но никого там не находит. Затем он находит хрустальное Яблоко, и в видении Юнона поручает ему спрятать медальон, где никто не будет его искать. После чего Яблоко разрушается. Герой прячет медальон в могиле Коннора Дэвенпорта, сына Ахиллеса (в честь него Ахиллес и дал имя Радунхагейду).

С полученной информацией, Дезмонд находит медальон и открывает врата. Там героев встречает Юнона, которая хочет чтобы Дезмонд отдал свою жизнь для спасения мира. Однако, появившаяся Минерва показывает, что, поступая так, он невольно выпустит Юнону, что позволит ей начать завоевание мира. Она объясняет, что Юнона была предрешена давно, во время войны между Первой Цивилизацией и человечеством, когда она была частью заговора.

Минерва показывает Дезмонду, что будет если он не «спасет» мир. Полагая, что мир будет стоять, если в этом поможет Юнона, Дезмонд приказывает другим оставить его. После того, как они уходят, Дезмонд активирует пьедестал, который принимает его жизнь для спасения мира. Мир спасён. В конце появляется Юнона и обращаясь к лежащему Дезмонду, говорит что он получил своё, и теперь настало время ей получить своё, после чего уходит.

В финальных титрах звучит местами обрывающийся голос ведущего новостей, который говорит, что самое худшее позади, но ущерб нанесенный человечеству ещё не оценен.

В эпилоге Ахиллес умирает, и Коннор хоронит его рядом с сыном и женой. В подвале он сжигает портреты убитых им тамплиеров, затем узнает, что его народ ушел на запад, так как земля, на которой стоит деревня, была "кому-то продана". В Нью-Йорке Коннор становится свидетелем ухода британских войск, а также видит как в порту на аукционе продают рабов и понимает, что его борьба за свободу и справедливость ещё не закончена.

Персонажи

Персонажи в современности:

• Дезмонд Майлс — ассасин, главный герой. Погиб.
• Уильям Майлс — лидер Братства ассасинов, отец Дезмонда.
• Ребекка Крэйн — ассасин-тeхник, создавшая Анимус 2.0 и 3.0.
• Шон Гастингс — ассасин-историк, даёт информацию об исторических личностях и значимых событиях.
• Уоррен Видик — тамплиер. Глава проекта обучения агентов тамплиеров. Убит Дезмондом с помощью Яблока Эдема.
• Дэниел Кросс — Агент Тамплиеров, сотрудник Абстерго в отделе Технологий будущего. Потомок русского ассасина Николая Орлова. Известен также как Объект 4. Согласно Энциклопедии Assassin`s Creed, убил «Наставника» (главу современных ассасинов) в 2000-м году, что положило началу «Великой чистке». В последнем видео мультиплеера Revelations получил задание — убить Уильяма Майлса. Убит Дезмондом.

• Коннор Кенуэй (настоящее имя Раду́нхагeйду́) — ассасин, индеец-полукровка, главный герой.
• Ахиллес Дэвенпорт — бывший ассасин, наставник Коннора. Умирает в 1783 году.
• Хэйтем Кенуэй — великий магистр ордена тамплиеров, отец Коннора, является играбельным персонажем. Убит Коннором.
• Гадзидзио — индианка из племени Могавков, мать Коннора. Погибла в пожаре.
• Ганадогон — соплеменник и друг Коннора. Убит Коннором.
• Мать Рода — вождь племени.
• Джордж Вашингтон — главнокомандующий Континентальной армии. Один из отцов-основателей.
• Бенджамин Франклин — ученый, журналист, политический деятель. Один из отцов-основателей.
• Чарльз Ли — тамплиер, генерал армии. Возглавил Орден тамплиеров в Америке после смерти Хэйтема. Главный антагонист игры. Убит Коннором.
• Жильбер Лафайет — французский политический деятель.
• Пол Ревир — американский ремесленник.
• Израэль Патнэм — генерал американской армии.
• Франсуа Жосеф Поль де Грасс — адмирал французского флота.
• Бенедикт Арнольд — генерал-майор, участник войны за независимость США, командующий воисками в Вест-Пойнте. Предал патриотов и сбежал. Появляется только в версии для PlayStation 3 и Windows в виде специального бонуса
• Николас Биддл — тамплиер, капитан Континентального флота. Убит Коннором.
• Джон Питкерн — тамплиер, майор Королевской морской пехоты. Убит Коннором.
• Бенджамин Черч — тамплиер, врач, глава медицинской части Континентальной армии. Убит Коннором.
• Уильям Джонсон — тамплиер, крупный землевладелец, управляющий по делам индейцев. Убит Коннором.
• Томас Хики — тамплиер, один из личных охранников Уильяма Джонсона. Убит Коннором.
• Роберт Фолкнер — ассасин, бывший капитан «Аквилы».
• Самюэл Адамс — юрист, политический деятель, один из подписантов декларации независимости.
• Эдвард «Бульдог» Брэддок — тамплиер, генерал-майор британской армии. Убит Хэйтемом.
• Сайлас Тэтчер — капитан королевской роты, командир форта Саутгейт, работорговец. Убит Черчем.
• Бенджамин Толмедж — глава разведки Континентальной армии.