Альтаир снова прибывает в Масиаф, где Аль-Муалим показывает артефакт тамплиеров, который называет Яблоком Эдема. Оно обладает сверхъестественной силой: с его помощью Моисей раздвинул море, а Иисус превращал воду в вино и ходил по воде. Лидер ассасинов даёт Альтаиру новое задание убить Джубаира — придворного учёного египетского султана в Дамаске и Сибранта — магистра Тевтонского Ордена в Акре. В Дамаске Альтаир находит Джубаира в библиотеке, где он и его последователи сжигают все книги. Перед смертью жертва признаётся в том, что хотел освободить умы людей, так как книги лишают их возможности самостоятельно думать. Позже Альтаир отправляется в доки Акры, и попав на корабль Сибранда, убивает его. Перед смертью тот признаётся, что готовил флот для блокады Святой Земли.

После Альтаир прибывает в Масиаф. Аль-Муалим даёт последнее задание — убить Робера де Сабле. Альтаир отправляется в Иерусалим, где получает данные о том, что жертва будет присутствовать на похоронах Мажд-Аддина. Альтаир приходит на кладбище и попадает в ловушку, где с ним сталкивается сам магистр. После продолжительной драки Альтаир узнаёт о том, что вместо Сабле сражался с Марией Торп, а Робер отправился в Арсуф, чтобы заключить союз между сарацинами и крестоносцами против ассасинов. Альтаир отпускает девушку, а сам отправляется к Малику.

Убийца отправляется в Арсуф, где встречает Робера и Ричарда. Альтаир пытается доказать Ричарду, что Робер предатель, и король решает, чтобы они сразились между собой. Побеждает ассасин, и Робер раскрывает истинную суть заговора: Аль-Муалим был в сговоре с тамплиерами, но предал их, чтобы не делиться Частицей Эдема и единолично править. Он использовал братство ассасинов, чтобы уничтожить знавших об артефакте.

Альтаир срочно направляется в Масиаф, где на него нападают ассасины, разум которых помутнён яблоком. Но Малик, Рауф и другие несломленные убийцы помогают Альтаиру. Альтаир направляется в крепость, где сражается с Аль-Муалимом. В итоге духовный лидер убит, из его руки выпадает Яблоко, из которого появляется голограмма Земли с отмеченными точками, где предположительно хранятся другие Частицы (яблоки) Эдема.

В будущем Дезмонд узнаёт, что «Абстерго» и Видик являются тамплиерами, а Люси — ассасином, работающим под прикрытием. Также он обнаруживает в компьютерах «Абстерго» данные о некой Лейле, работающей до Люси у Видика и об Объекте 16, которого держали до Дезмонда и который оставил по всей лаборатории кровавые символы. В конце игры Видик сообщает руководству «Абстерго», что добыл координаты Частиц Эдема. «Абстерго» предлагает убить Дезмонда, но Люси предлагает руководству, чтобы они его оставили в живых, так как он может обладать ещё полезной информацией. После разговора Видик и Люси уходят, а Дезмонд начинает разглядывать кровавые символы.

Персонажи игры

Персонажи из будущего

• Дезмонд Майлс — ассасин, бармен, пленник «Абстерго», потомок Альтаира
• Уоррен Видик — учёный «Абстерго», тамплиер
• Люси Стиллман — ассистент «Абстерго», агент ассасинов.

Персонажи из прошлого

• Альтаир ибн Ла-Ахад — ассасин, уничтожил заговор тамплиеров
• Аль-Муалим — лидер ассасинов, предал заговорщиков, убит Альтаиром
• Робер де Сабле — магистр Ордена Тамплиеров, лидер заговорщиков, убит Альтаиром
• Джубаир аль Хаким — придворный учёный Саладина, заговорщик, убит Альтаиром
• Сибранд — магистр Тевтонского Ордена, заговорщик, убит Альтаиром
• Абу-аль-Нуквод (Король-купец) — купец, заговорщик, убит Альтаиром
• Мажд-Аддин — регент Иерусалима, заговорщик, убит Альтаиром
• Уильям Монферрат — наместник Акры, заговорщик, убит Альтаиром
• Тамир — купец, заговорщик, убит Альтаиром
• Талал — работорговец, заговорщик, убит Альтаиром
• Гарнье де Наплуз — магистр Ордена Иоаннитов (госпитальеров), заговорщик, убит Альтаиром
• Малик Аль-Саиф — ассасин, глава бюро ассасинов в Иерусалиме, друг Альтаира
• Ричард I Львиное Сердце — крестоносец, король Англии
• Рафик — ассасин, глава бюро в Дамаске
• Рауф — ассасин, глава стражи в Масиафе
• Аббас Софиан — ассасин
• Масун — глашатай в Масиафе, тамплиер, убит Аль-Муалимом
• Кадар — ассасин, брат Малика, убит тамплиерами в Храме Соломона
• Нумаир — информатор в Акре
• Джамаль — ассасин, предал Братство, открыв ворота Масиафа и пустив на его территорию тамплиеров
• Хишаб — сарацин, тамплиер
• Аллен — госпитальер