Из-за бури Новое Братство оказалось намного восточнее армии супермутантов, не зная об её действиях. Оно расконсервировало старые бункеры, пополняло свои ряды рекрутами из жителей Пустошей (в зависимости от действий главного героя — не только людей, но и гулей, Когтей Смерти и даже супермутантов) и стремительно набирало силу, поставив своей главной целью найти легендарное Убежище 0 и завладеть имевшимися там технологиями. Главный герой — один из этих бывших дикарей — людей. Но в первых же боях с супермутантами Братство понесло очень тяжёлые потери, один из его генералов попал в плен. Как удалось выяснить позднее, один из паладинов Братства Латам (в прошлом — один из ведущих тактиков Братства Стали), после того, как его дирижабль упал очень близко к армии супермутантов, присоединился к ним и стал их командиром, пытаясь с их помощью сдержать Угрозу С Запада — армию роботов Калькулятора.

Главный герой со своей боевой группой наносит удары по стратегически важным пунктам армии супермутантов и в итоге добирается до их штаба с задачей освободить пленного генерала и убить Гамморина (так стал называть себя паладин Латам). Ренегат был убит, но генерала Барнаки на базе не оказалось — его захватили роботы. После уничтожения армии супермутантов Новому Братству пришлось самому сражаться с многократно превосходящей его армией Калькулятора.

Неся тяжёлые потери, Братство сумело пробить дорогу к логову Калькулятора для отряда ГГ. Здесь, взорвав сверхпрочные двери бункера древней атомной бомбой и прорвавшись через многочисленные отряды железных защитников, среди которых оказался и генерал Барнаки (чей мозг был извлечён и помещён в кибертело), герой наконец добрался до Калькулятора.

Искусственный интеллект рассказывает герою о том, что для полноценной работы Калькулятора ему необходимо соединение с человеческим мозгом — это раскроет все функции великого творения древних и сделает его по-настоящему идеальным, мудрым и, самое главное, человечным правителем. Но для этой великой цели подходит далеко не каждый мозг. Головной мозг героя, как убедился Калькулятор из допроса пленных, практически идеален для этого, потому его боевой группе и дали пробиться к Калькулятору, выставив против него лишь крохотную часть армии роботов. Теперь перед героем встаёт выбор — уничтожить последний шанс человечества на утопию или соединиться с ним.

Возможны четыре варианта концовки, в зависимости от действий игрока:

1) Можно просто без затей уничтожить уникальный искусственный интеллект:

начало цитатыКогда лёгкий дымок рассеивается, уже не существует в мире создания, ранее известного как Калькулятор. Остались лишь обожжённые провода и поломанные переключатели. Несомненно, это решающая победа человечества. Ведь в критический момент тяжёлой битвы все роботы остановились, прервав своё безумное уничтожение. Воину теперь остаётся только гадать, какие возможности будущего уничтожило разрушение этого чуда технологии. История говорит о том, что и победившим в бою достаётся немало сожалений. Но иногда нужно просто идти вперёд.

Братство поспешило обосноваться в Убежище 0, превратив его в главную военную базу. Несмотря на значительные разрушения, там всё ещё сохранились огромные массивы информации о разнообразных технологиях. Древнее сооружение стало центральным ядром для ведения боевых действий, координации действий на далёких и ближних аванпостах и поддержки путей снабжения и транспортных связей через Пустоши, что по иронии судьбы оказалось странной пародией на изначальные задачи, которые возлагал на эту базу ныне поверженный враг.