Для лечения игрок может переносить с собой аптечки, а также использовать медицинские шприцы со специальным раствором, которые носят с собой солдаты армии репликантов (раньше медицинские шприцы присутствовали только в мультиплеере F.E.A.R.)

В игре присутствует рукопашный бой — в случае близкого столкновения или когда нет времени перезарядить оружие игрок может совершить удар кулаком (если убрано оружие) или прикладом. В отличие от первой игры серии, где рукопашный бой игрока был очень мощным оружием (один удар кулаком убивал человека без брони), некоторые враги могут выдержать несколько ударов прикладом. Также противник в ближнем бою теперь наносит такой же урон, как и игрок. В игре также присутствуют два комбо-удара — удар в прыжке и «велосипедный пинок» (на бегу), которые наносят смертельные повреждения врагу.

В игре появилось использование Quick Time Events — например, когда игрока схватит за горло мерзость или Альма, он должен быстро отбить атаку несколькими ударами ноги.

Оружие

В игре представлено абсолютно новое оружие, однако некоторые виды имеют аналоги в первой игре серии:

• Пистолет ACM46 — Обладает довольно низкой убойной силой и скорострельностью, подходит, скорее, для самозащиты, нежели для нападения. Аналог USP, тем не менее, очень сильно уступающий АТ-14 из первой части игры;
• Пистолет-пулемёт Andra FD-99 — лёгкое скорострельное оружие. Имеет два вида стрельбы — очередями и короткими очередями по три выстрела. Сравнительно невысокая точность и убойность компенсируется высокой скорострельностью и объёмом магазина на 50 патронов. Аналог FN P90;
• Patten PK470 — штурмовая винтовка. Имеет штурмовой прицел малой кратности. Обладает повышенной точностью и убойной силой по сравнению с Andra FD-99, однако уступает ему по скорострельности и объёму магазина. Аналог G36, XM8;
• Помповый дробовик SHO Series-3 — Обычный восьмизарядный помповый дробовик с ручной перезарядкой. Хорош на небольших дистанциях и против одиночных противников. Аналог Mossberg 500;
• Штурмовой дробовик Vollmar ULTRA92 — ёмкость магазина увеличена с 8 до 12 патронов, благодаря полуавтоматическому механизму перезарядка происходит быстрее, также повышается и скорострельность. Идеальное оружие на близких и средних дистанциях. Аналог KSG.

Некоторые виды вооружения встречаются редко, но обладают большой мощностью.

• Армахем Хаммерхед — тяжелая автоматическая винтовка, стреляющая стержнями из обеднённого урана. Стержни способны пришпиливать противника к стене, лишая подвижности. Самое веселое и одновременно "жестокое" оружие в игре, требует очень точной стрельбы желательно в режиме замедления времени и прицеливания клавишой "Shift". Можно убить слабых клонов всего за 2-3 стержня при попаданиях в голову.;
• Ракетомёт Andra SR5 — оружие, предназначенное для уничтожения тяжелой техники;
• Лазер Shark FL-3 — испускает мощный луч, который моментально настигает цель (однако оружие перед выстрелом должно «зарядиться») и разрезает её на части за несколько секунд. Может ремонтировать дружественный экзоскелет при игре в многопользовательском режиме. Наиболее громоздское и сложное в использовании оружие вследствие очень быстрого расхода энергозапаса и необходимости весьма точно прицеливаться во врага по красному целеуказателю;
• Снайперская винтовка RAAB KM50 — мощное дальнобойное оружие с десятикратной оптикой. Выстрел в голову моментально убивает жертву;
• Огнемёт Balzer LM10 — поджигает врагов струёй пламени;
• Прототип-12 — судя по названию, оружие из той же серии, что и «Прототип-7» из оригинальной игры, однако принцип действия в корне другой. Если оригинальный «Прототип7» используем в качестве снайперского оружия, то «Прототип12» скорее ближе к ракетомету. Стреляет энергетическим зарядом, который способен к самонаведению, отскакивает от стен и наносит смертельные повреждения в большом радиусе. Самое мощное оружие в игре, имеет очень малый боезапас, использовать желательно против чрезвычайно сильных экзоскелетчиков с хаммерхедами и лазерами. Первый раз сержант Беккет получает импульсное ружье из рук жестоко убиенного профессора Терри Хэлсфорда ("Змеиный Кулак") и ближе к последней миссии можно ещё найти немного боеприпасов. Сходство с рейлгановским Прототипом-7 лишь в том, что при попадании в противника синий сгусток энергии испаряет его мышечные телесные ткани, оставляя лишь обгоревший чёрный скелет. По принципу действия и боевым характеристикам почти что полностью аналогичен BFG 9000 из Doom 3.