Дальнейшее развитие сюжета зависит от выбора игрока: убежать или попытаться помочь группе Кейна. В первом случае Адам и Дженни забираются в вертолёт и улетают, Линч не хочет следовать за ними и остаётся. Дженни убеждается в том, что её отец — «Паршивый предатель». Игра заканчивается.

Во втором случае Кейн, Дженни и Линч идут в деревню. Шелли и Рифик окружены в горящей церкви. Когда Кейн добирается до них, в живых остаётся только Шелли. Вместе они пробиваются к причалу, где один из повстанцев ранит Дженни. Шелли уплывает на одном из катеров. Кейн несёт тяжело раненную Дженни на руках. Игра заканчивается.

Миссии

• Шок

Задача: Следовать за Линчем и наёмниками, скрыться от полиции.

Враги: Полиция, SWAT

• Суд

Задача: Научить Линча пользоваться оружием, сбежать из супермаркета.

Враги: Полиция

• Банк

Задача: Достать из хранилища банка требуемый груз.

Враги: Охрана банка, полиция.

• Погоня

Задача: Скрыться от полиции на фургоне.

враги: полиция, SWAT

• Мицуки

Задача: Похитить Ёко Рэтомото

Враги: охрана ночного клуба

• Обмен

Задача: Уйти от людей Рэтомото.

Враги: Люди Рэтомото, Полиция, спецназ

• Встреча

Задача: Расправиться с палачами, защитить Дженни.

Враги: Люди «Семёрки»

• Побег

Задача: Освободить Тапу, Рифика и Шелли.

Враги: Тюремная охрана, полиция

• Башня Рэтомото

Задача: Убить Рэтомото, забрать чемодан, выбраться из здания.

Враги: Люди Рэтомото

• Улицы Токио

Задача: добраться до фургона.

Враги: Полиция, спецназ.

• Борцы за свободу

Задача: Добраться до Капитолия

Враги: Войска кубинского диктатора

• Капитолий

Задача: Штурмовать Капитолий

Враги: Войска кубинского диктатора

• С высоты птичьего полёта

Задача: Добраться до гасиенды

Враги: Наёмники «Семёрки»

• На гасиенде

Задача: Пробраться в штаб «Семёрки» и взять его штурмом.

Враги: Наёмники «Семёрки»

• Погоня

Задача: Приехать на аэродром, спасти Дженни

Враги: Наёмники «Семёрки»

• Выбор

Задача: Либо прорвать окружение церкви и попытаться спасти выживших бойцов своего отряда, либо сбежать с дочерью на вертолете, оставив соратников на произвол судьбы.

Враги: Наёмники «Семёрки»

Дополнительные факты

• В другой игре IO Interactive, Hitman: Blood Money, в нескольких газетах, которые можно почитать после миссий, есть упоминания о побеге и дальнейших приключениях Кейна и Линча без упоминания их имён.
• В Hitman: Blood Money на уровне «Урожайный год» («A Vintage Year») в особняке развешаны концепты уровней игры «Башня Рэтомото» и уровней на Кубе.
• На задней части одного плаката к игре можно заметить плакат с изображением Агента 47 и подписью «Is death sneaking up on you?» (Подкрадывается ли к тебе смерть?)
• Игровые достижения имеют две отсылки к играм серии Hitman, всего достижений 47, и одно из них, «Headmaster», заключается в совершении 47 выстрелов в голову.
• В коллективном режиме игры на карте «Late Night Opening» есть магазин «Мистер 47, мужская одежда». Так же на этом уровне в лифте звучит музыка из Hitman: Blood Money.
• Название 11 уровня, «Freedom Fighters», повторяет название одноимённой игры IO Interactive.
• На крыше одного из зданий (уровень «Улицы Токио») находится фигура лисы из игры Mini Ninjas.
• В камере Рифика (уровень «Побег») можно найти много интересного. В словах на стене есть имена разработчиков, слово «Freedom» (возможно намёк на Freedom Fighters), имя Tobias (один из псевдонимов Агента 47 из серии Hitman). Большой плакат — вид на вход в парк аттракционов из Hitman: Blood Money. Фото над кроватью — погибший президент, о котором упоминалось в газетах в Hitman: Blood Money, оттуда же девушка с фото над столом (Ева из уровня «Dance with the Devil»).
• На уровне «Башня Рэтомото» на столиках можно найти журналы под названием «Money Monthly». Шрифт и цветовая гамма очень напоминают эмблему Hitman: Blood Money, да и заголовок «Money bla bla Exciting» намекает на один из рекламных роликов Blood Money.
• На уровне «Улицы Токио» на тротуарах стоят зеленые ящики, на которых наклеены плакаты игры Hitman: Contracts.
• В миссии «Последствия» как бы вы ни защищали Дженни, она всё равно получит ранение.
• Имя персонажа Рэтомото является прямым намёком на название производственного объединения Reto-Moto, которое и создало студию IO Interactive.
• Кейна на постерах, обложках, картах и т. д. изображают бритым без бороды, но в игре он даже побритый всё время с очень хорошо заметной бородой
• В конце миссии «Шок» бойцы SWAT приезжают к месту перестрелки на простых полицейских машинах.
• Сцена в которой главные герои выходят из башни Рэтомото, сделана по фильму Майкла Манна «Cхватка».
• Миссия «Мицуки» основана на эпизоде фильма «Cоучастник».
• По ходу игры Кейн постоянно кричит на Линча, когда Линч делает что-то не так. Но, в конце уровня «Погоня», если Кейн случайно застрелит Дженни, то он будет кричать на Линча, и винить его в этом, хотя Линч в это время стоял рядом и ничего не делал.
• В Hitman: Absolution на уровне «Добро пожаловать в Хоуп» («Welcom to Hope») в баре, справа от выхода стоит Кейн и говорит одному из посетителей, что "ждет своего напарника со снаряжением". Также, если выключить свет в баре, то посетители бара начнут драку с Кейном.
• Также, в "Hitman: Absolution" на уровне *Подарок Птахи* на стрельбище, стоит Линч с дробовиком и постоянно огрызается на местного охранника, который делает ему замечания по поводу стрельбы в гномов. Если после их диалога незаметно выстрелить в гномов, охранник будет кричать на Линча и тот бросит дробовик и уйдет в комнату.
• В одной из миссий "Hitman: Absolution" , в тюрьме, можно увидеть Кейна пишущего письмо своей дочери, в котором он извиняется, что не уделял ей достаточно внимания, и что он убивал людей за деньги, и должен понести наказание.