Теперь герою предстоит одолеть Metal Gear REX. При помощи Грея Фокса, вскоре убитого, герою удается это сделать. Ликвид рассказывает Снейку о его и своем прошлом, раскрывает тайну останков Биг Босса и вызывает на рукопашную дуэль, при этом рядом находится связанная Мерил. В зависимости от действий игрока во время пытки, Мерил оказывается жива или мертва.

В самом конце герои вновь вынуждены встретиться с Ликвидом, который наконец останавливается и умирает от сердечного приступа, подобно Бейкеру и Андерсону. После продолжительных бесед по кодеку Снейк узнает, что в его крови находится вирус FOXDIE (с ― «смерть лисы»), который вызывает смерть определённых людей. Этот вирус рано или поздно скажется на самом Снейке и единственное, что он может сделать — это продолжать жить, не заботясь о своем происхождении или прошлом.

После титров слышен разговор Оцелота и президента (Солидуса Снейка, появляющегося в Metal Gear Solid 2: Sons of Liberty) об истинном значении событий на Shadow Moses.

Кинематографическое представление

Все диалоги в игре, сюжетные и дополнительные, полностью озвучены профессиональными актёрами. Это касается как оригинальной японской версии, так и англоязычных релизов. Большая часть текста в игре приходится на переговоры между Снейком (大塚 明夫 и Дэвид Хейтер — японский и английский дубляж соответственно) и другими персонажами через устройство связи под названием кодек (codec). Игра содержит более четырёх часов диалогов, которые разделены на два CD.

Сюжет раскрывается заставками на игровом движке. Эти вставки сделаны с применением технологии motion capture, разнообразных ракурсов камеры и спецэффектов. Технические ограничения платформы привели к тому, что рты персонажей неподвижны во время диалогов, а речь представлена в виде небольшого покачивания головы. Более реалистичные заставки появились в продолжении игры, Metal Gear Solid 2: Sons of Liberty на PlayStation 2.

Постмодернизм, символизм и секретные частоты

Одной из наиболее характерных черт проекта и своеобразным почерком Хидэо Кодзимы является использование многочисленных аллюзий, символов и изобразительных приемов, напоминающих о постмодернизме. Например, некоторые отрицательные персонажи обладают оригинальным внешним видом и возможностями, и, на первый взгляд, неуместны в серьёзном технотриллере, к которому номинально можно отнести MGS, а скорее подходят для комикса или аниме. Кроме того, в сюжет игры вплетены как мистические, так и фантастические составляющие, несмотря на очевидный реалистичный сеттинг.

В Metal Gear Solid существует несколько моментов, во время которых ломается четвёртая стена ― игра обращается непосредственно к игроку:

• Психо Мантис показывает несколько трюков, чтобы доказать свои телепатические способности. Он сообщает игроку, есть ли у него на карте памяти сохранения от других игр Konami, двигает джойпад, используя функцию вибрации, и его гораздо сложнее победить, если игрок не догадается переключить манипулятор в другой слот.
• Необходимую для прохождения игры радиочастоту Мерил (140.15) можно узнать, посмотрев на скриншот с обратной стороны лицензионной коробки от игры. Подобный трюк ранее использовался в Metal Gear 2: Solid Snake на MSX, когда полковник Кэмпбелл менял номер частоты.