Спустя несколько дней после встречи Снейк приходит на пляж Коста-Рики. Оказавшаяся здесь Паз говорит, что она вместе со своим другом подверглась пыткам. По радио доносится сообщение о расположенном около горы Ирасу ядерном оружии. Основываясь на более ранних радиосообщениях и на показаниях химического дозиметра, Снейк подозревает, что ЦРУ ввезло ядерное оружие в страну.

Часть 1: Страна без армии

Обеспокоенный возможностью наступления политического кризиса, Снейк вспоминает о Галвезе и решает связаться с сандинистскими повстанцами, чтобы получить от них новую информацию. Лидер повстанцев Аманда Валенсиано Либре, будучи освобождённой Снейком от наёмников, сообщает ему о присутствии ЦРУ и о маршруте баржи с ядерным оружием.

Затем неизвестные похищают Аманду, её брата, ещё нескольких повстанцев и везут их на плантационный завод. Аманда получает перелом ноги и просит Снейка спасти её брата и других повстанцев. После этого Снейк отправляется к базе около Ирасу. Незаметно проникнув на территорию, Снейк слышит, как доктор Хью Эммерих спорит с Хотом Колдманом по поводу запуска ракет. Спор заканчивается тем, что Колдман сталкивает инвалидную коляску Хью с лестницы; Снейк пытается спасти последнего, но упускает противника.

После боя Хью рассказывает Снейку о проекте «Peace Walker» — мобильной системе ядерного сдерживания, способной нанести ядерный удар из любой точки планеты и избежать ответного удара. Система гарантирует владельцу преимущество в ядерном паритете. Хью советует Снейку следовать в находящуюся неподалёку лабораторию, в которую может быть установлен «Peace Walker».

Часть 2: Призрачный герой

Снейк решает проникнуть на базу, используя карту доступа Хью; двигаясь по лесу, он сталкивается с плохо одетой женщиной, которая сбежала с базы. Женщина, которую зовут Сесиль Косима Каминадес, объясняет, что была взята в плен для записи звуков квезаля в руинах и не знала о том, что внутри находится база. Пропускная карта Хью не срабатывает, Снейк находит охранника, благодаря которому Сесиль удалось сбежать, и с его помощью проникает на объект.

Внутри он встречает доктора Стренджлав. Она говорит, что скопировала личность Босса в обширный искусственный интеллект, названный Mammal Pod. Объект способен нанести ответный ядерный удар без каких-либо колебаний, а способность Босса к принятию решений оказалась наиболее подходящей для решения задач по планированию атак. Снейк входит в Mammal Pod и вступает в разговор с искусственным интеллектом, однако голос оказывается записанным на плёнку. Шокированный использованием наследия Босса, Снейк делает попытку забрать его. Он покидает Mammal Pod и просыпается во внутреннем дворе, где видит вертолёт, увозящий Mammal Pod. Снейк вступает в бой с искусственным интеллектом «Chrysalis» и уничтожает его. Миллер сообщает Снейку о местонахождении «Peace Walker».

Часть 3: Возрождение нации

Найдя лошадь Босса, Снейк двигается к карьеру, но поднимает тревогу; после уничтожения охранников ему приходится столкнуться с другим искусственным интеллектом «Cocoon». Снейк проникает на базу и добирается до ангара, где хранится «Peace Walker». Он пробирается мимо Mammal Pod и расспрашивает искусственный интеллект Босса об операции «Пожиратель змей». Но герой не успевает уничтожить искусственный интеллект — его окружают и берут в плен. Колдман объясняет, что проект «Peace Walker» является частью плана по восстановлению стратегического преимущества США, потерянного вследствие Кубинского кризиса. Он также признаётся в том, что именно он руководил операцией «Пожиратель змей». Снейку удаётся убить нескольких окруживших его солдат и забрать ID-карту Стренджлав, после чего его лишают сознания и уносят.