Основные цели

Хотя эти задачи не указаны в игре как таковые, они являются важными шагами к победе.

• По-видимому, ни одна из рас не способна выжить самостоятельно. После каждой помощи игрока в преодолении кризиса, через несколько столетий случается новый кризис, который уничтожает их общество без вмешательства игрока. С каждой расой нужно нянчится, чтобы они дожили до своего 10000-летнего дня рождения. Зачастую, эти кризисы имеют политический характер, и игроку приходится выбирать сторону. Если на планете больше чем одна нация, игроку необходимо удерживать нацию с морфом живой. Почти всегда эти проблемы можно решить, связавшись с морфом и дав нужные указания. Политические проблемы иногда требуют от игрока избрать одного из двух или трёх кандидатов, у каждого из которых различные идеи насчёт правительства. Но не все расы одинаково принимают ту или иную политическую систему. Например, пайсинам подходит монархия или демократия, но насекомообразным энтомонам необходима королева для выживания (демократию они просто не понимают).
• Чтобы защититься от микроидов, расе необходимо изобрести технологию для обороны планеты. Это может быть «стандартными» устройствами фантастики, как планетарные защитные поля и космические истребители, или чем-то неординарным, как подводные трубы, стреляющие взрывчатыми кирпичами по орбитальным объектам. Иногда, как назло, микроиды прибывают тогда, когда раса почти изобрела нужную технологию. В этом случае, игрок должен перенестись в это столетие и уничтожить флот, дав расе ещё сто лет на разработки.
• Чтобы уничтожить микроидов раз и навсегда, расам необходимо выйти в космос и колонизировать другие миры галактики Эшелон. Двигатели каждой расы отличаются друг от друга, но та раса, которая первой выйдет в космос, пойдёт войной на микроидов, а также будет угрожать другим расам. В этом случае, игроку придётся драться с флотом той или иной расы, чтобы спасти другую. Межзвёздные войны между двумя расами также возможны в игре.

Победа

В Millennia есть два способа выиграть. В большинстве случаев, достигнув одного из них, становится невозможно сделать второй.

• Сделать так, чтобы каждая из 4-х рас оккупировала приблизительно четверть галактики Эшелон, создавая равновесие сил. Ясно, что к тому моменту микроидов уже нет.
• Каждая раса должна достичь коэффициент интеллекта 300, чтобы они смогли создать 4 нужных детали для путешествия на Землю.

Интересные факты

• Имя игрока либо Макдоннальд либо Мак Дональд (точно неизвестно так как оно произносится только в начальном ролике Худом. После ролика, игрок не говорит. Вместо него говорит АНГУС.
• Инструкции по игре утверждают что проиграть возможно. Если что-то создаст ситуацию которая не позволяет выиграть игру, огромный временной шторм уничтожает XTM и игрока. Но создатели игры поняли что эта ситуация никогда не может случиться так как игрок может попросту вернуться в прошлое и изменить ситуацию. Поэтому эта возможность была удалена из игры по ненадобности.
• Во время некоторых прыжков, игрок может застрять в «зелёном тумане» вместе с прошлой или будущей версией себя. Во время этих аномалий, игрок может послать или принять короткое сообщение которое, возможно, изменит историю.

Секрет пятого измерения

Когда корабль игрока оказывается в "зеленом тумане" с самим собой, необходимо связаться с ним, и спросить "Can you help me?" ("Ты можешь помочь мне?"). В ответ на это "альтер-эго" скажет цифру, которую необходимо записать. При следующей встрече в пятом измерении вы поменяетесь местами, и на вопрос "Can you help me?" необходимо ответить ту же цифру.

Когда у вас будут три цифры, при следующей встрече необходимо сказать "I have a code!"("У меня есть код!"), и затем сказать этот код (желательно перед разговором сохраниться, так как любая ошибка приведет к тому, что придется заново собирать три других цифры). После этого нужно зайти в отсек телепортации, просканировать корабль "альтер-эго" - там окажется предмет, похожий на телескоп. После того, как вы заберете его, АНГУС скажет вам о том, что он успешно подключил это устройство, которое оказалось системой вооружения 5. После этого вы больше не встретитесь с "добрым альтер-эго".