Сюжет

Где то, глубоко в галактике Андромеды есть звёздная система Алголь (Algol Star System). Старшая звезда, Алголь (именуемая Алго (Algo) на данный момент по временной шкале) имеет три планеты, вращающиеся вокруг неё. Первая - Палм (Palm) (Палма (Palma) в первой игре) - дом правительства. Управляющие, казначеи, и великие мыслители останавливаются в больших башнях из слоновой кости, вдали от шума и суеты повседневной жизни. Вторая — Мота (Mota) (ранее Мотавия (Motavia)) — сияющая жемчужина. Из сухой пустынной планеты, заражённой муравьиными львами, Мота преобразована в синий и зелёный тропический рай. Покрытые куполом хозяйства выращивают сельскохозяйственные культуры, вода берётся из запруженных рек. Жизнь на Моте великолепная, мягкая и лёгкая. У людей есть всё, что они хотят и им не надо работать. Третья - Дезо (Dezo) (Ранее Дезорис (Dezoris)) - ледяная планета. Мало что известно об этой загадочной и темной планете.

Тысячу лет прошло с тех пор, как Алис и её друзья освободили Алго от Лассика. Алго с тех пор процветает под контролем гигантского компьютера, называемый Материнским мозгом. Она контролирует климатические башни, био-системные лаборатории и другие вещи, обеспечивающие всё, что нужно жителям Моты.

Игра начинается с короткого монолога, в котором персонаж Рольф напоминает о странном повторяющемся кошмаре, который ему приснился. Во сне молодая девушка, похожая на Алис из первой части игры борется с демоном, хотя он сам о ней ничего не знает. Хотя Рольф находится поблизости, он не может даже пошевелится и сказать слово, а демон поражает девушку. Когда он убивает её, Рольф просыпается. Из своего дома в столице Мотавии Пасео (Paseo), Рольф пребывает в центральную башню, чтобы встретится с командиром, главой правительства Моты. чтобы получить новую миссию.

Главый антагонист серии, Тёмная Сила (Dark Force), воплощение зла возвращается в Phantasy Star II как главный враг Рольфа и его друзей, который должен быть побеждён. Мозговая Мать, компьютерная система, построенная для контроля и поддержания Звёздной Системы Алго начинает работу с неисправностями и эта проблема должна быть исследована Рольфом. Во время похода, команда обнаруживает Нейфирст (Neifirst) - получеловека - полубиомонстра, который является частью Нея. Являясь частью биомонстра (биологически изменённого животного), она была изгоем общества, что заставляло её ненавидеть человечество и таким образом саботировать климат-контроль Моты и биосистемную лабораторию, вызывая засуху на планете. Ней противостоял Нейфирст один на один, но был побеждён и убит. После этого Рольф и другие члены команды взяли на себя миссию победить Нейфирст, чтобы положить конец опасности, исходящей от Биомонстров, но это становится причиной новой катастрофы.

Центральное озеро затоплено водой и Рольф с друзьями были единственными, кто могут предотвратить Моту от массивного наводнения. Они согласились с тем, чтобы открыть окружающие реку четыре дамбы, но после открытия последней они были схвачены и приговорены к смерти на спутнике Гайра (Gaira). Всё начинается на орбите Палмы, и лишь контакт со спутником разрушает планету. Группу спасает Тайлер (Tyler) — космический пират.

Герои путешествуют по Дезо в поисках Лутза (Lutz) (воплощение Ноя (Noah) в первой игре). После того, как Рольф пробуждается после долгого сна, он сообщает им, что народ Алго посвятил себя Мозговой Матери, таким образом судьба системы зависит от неё. Они также в целях спасения Алго восстанавливают мощные объекты Нея для борьбы над Тёмной Силой, контролирующей Мозговую Мать.