Города теперь могут обрабатывать территорию на удалении в три соты вместо двух клеток прежде. Расширение границ страны, правда, теперь осуществляется посотово. Игрок может в срочном порядке освоить (представлено как покупка) новый участок за деньги, но соседние государства отнесутся к этому отрицательно.

Города могут наносить удары по юнитам противника на расстоянии. Это выглядит как наличие встроенного неотделяемого дальнобойного юнита. Оборона города усиливается дополнительно с помощью размещения гарнизона из одного сухопутного боевого юнита. Здесь могут находиться одновременно один боевой юнит, один небоевой, один корабль и сколько угодно воздушных юнитов.

При захвате городов игроку даётся выбор: аннексия, создание сателлита, разрушение или освобождение. Последнее — когда этот город ранее был под властью государства-противника. Примечательно, что если освободить город, принадлежавший уничтоженной прежде цивилизации, то она возвращается в игру с тем уровнем развития, который был перед прекращением её существования.

Игроку не позволяется непосредственно управлять сателлитами (городами-марионетками), однако сателлиты платят налоги в казну метрополии и дают доступ к территориям и ресурсам, также не так негативно влияют на настроение населения, как при аннексии.

Разрушение города происходит не мгновенно, а занимает несколько ходов, в течение которых разрушаемый город становится частью захватившей его цивилизации со своими населением, уцелевшими зданиями, расходами и прочим. Хотя конечный результат необратим, процесс разрушения можно прекратить в любой момент. При этом не подлежат уничтожению изначальные столицы (самый первый город, основанный соответствующей цивилизацией) побежденных держав, а также все города-государства, являющиеся столицами по определению. Также невозможно разрушить собственноручно основанные города, кроме случая, когда они отвоеваны назад после захвата чужой цивилизацией. Таким образом, к числу неразрушимых относятся города класса столиц, а также собственные, ни разу не оккупированные противником. Города, которые невозможно разрушить, могут создавать трудности в планировании застройки захваченной территории.

Юниты и сражения

В отличие от предыдущих версий, в Civilization V в каждой клетке-соте (в том числе и в городах) может находиться не более одного боевого юнита и не более одного небоевого. Это означает, что в соте могут находиться, к примеру, одно подразделение Лучников и одно подразделение Рабочих, но не два юнита Лучников. Юниты могут двигаться через занятые соты, но перемещение должно завершиться на свободной. Это в корне меняет планирование и проведение боевых действий, приближая их к реальности.

В игре более нет отдельных транспортных кораблей. Вместо этого после изучения определённой технологии и получения способности (для юнитов, созданных перед изучением технологии) все наземные юниты для пресечения водных пространств автоматически погружаются на собственные корабли. Водные боевые юниты могут уничтожить такие корабли одним ударом, также при атаках с моря сухопутные боевые юниты получают штраф.

Дальнобойные юниты: лучники, осадные орудия и боевые корабли, не могут непосредственно атаковать врага. Вместо этого, они ведут обстрел на расстоянии через соты. В ближнем бою эти юниты очень уязвимы. Города также могут вести огонь по врагу. Анимированное отображение атаки силами города (стрелы, снаряды катапульт и артиллерии, ракеты) зависит от эпохи.