Геймплей

В отличие от игры Teenage Mutant Ninja Turtles, в TMNT 2: Battle Nexus присутствует кооперативный режим на четырёх игроков, а не на двух. Каждый игрок может выбирать команду по цвету, которая представляет одного из черепах и определённого персонажа, который прибавляется к каждой команде по мере прохождения игры. Команд всего четыре: синяя команда — Леонардо и Слашур, красная — Рафаэль и Кейси Джонс, оранжевая — Микеланджело и Караи, фиолетовая — Донателло и Сплинтер. В игре в обязательном порядке должна быть задействована каждая из команд, но из каждой команды может быть задействован только один персонаж. Если игрок один, то он управляет всеми четырьмя командами. Если игроков несколько, то каждый должен взять минимум одну команду так, чтобы не используемых команд не было.

Каждая команда обладает своими специфичными способностями, которые могут пригодиться по мере прохождения игры. Синяя команда способна разрушать некоторые объекты (ворота, деревья, бамбук, решётки), этим открывая новые пути прохождения и бонусы. Красная команда может толкать тяжёлые объекты, которые обычно мешают пройти дальше или прячут бонус. Фиолетовая умеет взламывать компьютеры, отключающие ловушки и открывающие двери, к тому же Донателло метает не сюрикэны, а лучи лазера. Оранжевая команда не имеет никаких специфичных способностей, но, по отдельности, Караи может замораживать противников ударом в воздухе, а Микеланджело способен левитировать с помощью своих нунчаков.

По сравнению с TMNT, эта игра обладает рядом преимуществ:

1. Возможность менять персонажа прямо во время игры. В предыдущей игре для того, чтобы поменять персонажа, приходилось начинать всю историю заново.

2. Большее количество приёмов для каждого персонажа. Всего по мере похождения игры и собирания кристаллов можно открыть тринадцать приёмов.

Кооператив

В отличие от предыдущей игры, где режим кооператива включал двух игроков, в TMNT 2: Battle Nexus он предусмотрен на четырёх, кроме версии для GBA, где одновременно играть можно только вдвоём.

Особенностью кооператива этой части является общий счётчик жизни для всех персонажей. То есть повреждения, полученные одним персонажем, уменьшают общий счётчик жизней всех персонажей. Ещё одной спецификой этого кооператива является расположение фиксированных камер так, что, когда один из персонажей уходит слишком далеко от остальных, он становится невидным для играющих.

Сюжет

Нулевой эпизод ,,Башня Шреддера"

Игра начинается с момента битвы черепах с Кланом Фут и Ханом на высотном здании, принадлежащем Ороку Саки. В конце концов Клан Фут побеждён, но во время схватки мастер Сплинтер таинственным образом исчезает.

Первый эпизод ,,Подземелье"

Время спустя, черепахи решили предпринять экспедицию под землю, где находились ужасные монстры, которые на самом деле были людьми, мутировавшими из-за экспериментов учёных Шреддера. Монстры обитали в подземном убежище древней цивилизации, чьи оставшиеся артефакты, а именно кристаллы, помогли вылечить тех людей от мутагена монстров. Вскоре черепахи помогли им выбраться из подземелья на поверхность.

Второй эпизод ,,Здание T.C.R.I."

В конце концов следы Сплинтера привели черепах к зданию с табличкой «T.C.R.I.», где скрываются похожие на мозги и безобидные на вид существа, являющиеся на самом деле продвинутой внеземной расой - утромами. И во время стычки с этими существами братья случайно попали в комнату телепорта, который переместил их.