После выхода Brighter than a Thousand Suns (именно так в Японии называли взрыв атомной бомбы) в прессе появились первые инсинуации о том, что группа поддалась давлению E.G., потребовавшей смягчить звучание в коммерческих интересах.

В 1987 году события приняли ещё более странный поворот. Записывающая компания без согласия Коулмена приняла решение выпустить (как студийный альбом Killing Joke) демо-пленки, которые тот записывал большей частью самостоятельно, иногда — с Джорди. В конечном итоге Коулман принял участие в спешной дорабокте треков, но попытка ввести в контекст этих расплывчатых произведений ритм-секцию оказалась неудачной, и вскоре Рэйвен с Фергюсоном покинули группу. Их заменили Джимми Коупли и Джефф Скантлбери, с которыми и был выпущен Outside the Gate (1988). Альбом, сделанный в спешке, был встречен критикой в штыки, но, как отмечалось впоследствии, был по-своему интересен (в частности, содержал сатирический трек «America», некоторые необычные музыкальные размеры, а также «One Jump Ahead» с необычным вокакальным решением, напоминавшим рэп). Большую часть 1988 года группа провела в судебных разбирательствах, пытаясь освободиться от менеджмента и контракта с E.G. Records. В конце года Коулмен слег с диагнозом: нервное истощение.

19 сентября 1987 года Коулман (под аккомпанемент Джорди и Скантлбери) провел лекцию в лондонском институте Курто (London’s Courtauld Institute), в которой подробно изложил концепцию альбома Outside the Gate, затронув целый ряд оккультных тем, включая нумерологию. Запись этого выступления два года спустя была выпущена альбомом под заголовком The Courtauld Talks (1989).

1988—1991

В конце 1988 года Коулмен и Джорди, к которым присоединился барабанщик Мартин Эткинс (экс-Public Image Ltd., Ministry), решили вернуться к концертной деятельности. Не имея контракта, но подготовив новый песенный материал, группа отправилась в турне по американским клубам, пригласив к участию бас-гитариста по имени Тайф (Taif, участника гастрольного состава Ллойда Коула). В британской прессе появились сообщения, что к Killing Joke присоединился Энди Рурк (экс-Smiths); действительно, он вошёл в состав, но почти сразу же был по неуточнявшимся причинам уволен («Он оказался порядочной сволочью», — позже говорил Эткинс). В этом низкобюджетном мероприятии принял участие клавишник Джон Бехдел (John Bechdel, в разное время — участник Ministry, Fear Factory, Prong, Pigface, Abstinence, False Icons, Ascension of the Watchers).

Питаясь сэндвичами, и разъезжая в фургоне, группа провела насыщенное турне, дав три концерта в Нью-Йорке; здесь же Коулман выступил с отдельной речью, обрушившись на записывающую компанию, развалившую группу. Его выступление, куда были приглашены фэны, было записано MTV (для программы «120 Minutes»). К этому времени относится создание Organization of the Distant Island Charter, фэн-группировки, базировавшейся в Чикаго (городе, родом откуда был Эткинс). В августе 1989 года Коулмен вместе с Энн Дадли из Art Of Noise записал Songs From the Victorious City.

Наконец в 1990 году Killing Joke подписал контракт с Noise Entertainment (филиалом германского конгломерата BMG) и здесь, с вернувшимся Полом Рэйвеном записали свой восьмой альбом Extremities, Dirt & Various Repressed Emotions, звучанием отразил настроение отчаяния, царившее в группе. Синглом из него вышел «Money Is Not Our God». Killing Joke дали несколько концертов в Европе после чего вновь наступило затишье.

Появились слухи о трениях между Эткинсом и Коулманом: предполагалось, что именно с целью выжить из состава последнего, первый пригласил в Миннесоту Рэйвена и Джорди, барабанщика Пола Фергюсона, клавишника Бехдела и вокалиста Криса Конелли (участника Finitribe и Revolting Cocks) в студию его собственного лейбла Invisible Records, чтобы записать альбом Murder Inc. под одноименной «вывеской». Альбом вышел в 1992 году, был перевыпущен, исчез бесследно и вместе с ним — новоиспечённая группа. К этому времени Коулмен уже находился в Новой Зеландии, где — снова во власти мыслей о грядущем Апокалипсисе — он поселился в полном уединении. И другие участники группы, официально о распаде не объявлявшей, занялись каждый своими делами. Джорди женился и переехал в Детройт, к супруге. В какой-то момент он прошёл прослушивание в Faith No More и мог бы заменить здесь уволенного гитариста Джима Мартина, но в последний момент передумал. Пол Рэйвен образовал The Hellfire Club, затем присоединился к Prong. Эткинс стал участником Pigface.