В таком неизменном составе группа выпустила три весьма успешных альбома в течение нескольких лет: Visions в 1997 году, Destiny в 1998 году, и Infinite в 2000 году. С каждым альбомом росла известность группы и армия её поклонников, появляются большие фан-клубы за пределами Скандинавии, особенно популярна группа стала в Японии.

В 2003 году, Stratovarius выпускают свой самый эпический проект: двойной альбом, названный Elements. В этих двух альбомах, группа достигла вершины в своём прогрессивном и симфоническом стиле пауэр-метала. Первая часть дилогии, Elements, Pt. 1, была издана в начале 2003 года, сопровождаемая мировым турне. За Elements, Pt. 1 последовала вторая часть, Elements, Pt. 2, вышедшая на том же лейбле Nuclear Blast в этом -же году.

В конце 2003 года в группе произошёл раскол: Тимо Котипелто и Йорг Михаэль покинули группу после очень смутно объяснённого конфликта. Толкки приглашает Катрийну «Miss K» Вийалу на роль вокалистки, и Андерса Йоханссона (брата Йэнса) из группы Hammerfall как сессионного барабанщика. Весь остаток 2004 года был покрыт молчанием о состоянии дел в группе.

Тимо Толкки, опубликовавший на сайте Stratovarius несколько странных заявлений, был госпитализирован и прошёл курс лечения от психической болезни. В январе 2005 года было объявлено, что Stratovarius воссоединился в своём прежнем составе. В июне 2005 года Толкки объявил, что басист группы, Яри Кайнулайнен, покинул группу по личным причинам. С тех пор и поныне бас-гитаристом Stratovarius является Лаури Порра.

В сентябре 2005 года Stratovarius выпускает одноимённый альбом, Stratovarius (ранее в альбоме Fourth Dimension была инструментальная композиция «Stratovarius»). В это же время, Stratovarius начинают, большой мировой концертный тур, стартовавший в Аргентине, включивший Северную Америку, где впервые в истории группа гастролировала по США и Канаде. Они давали концерты на таких мероприятиях, как Atlanta’s «Prog Power» и в таких известных залах, как B.B. King’s House Of Blues в Нью-Йорке и «Trocadero Theatre» в Филадельфии. Турне также включило концерты в европейских и японских городах.

В 2007 году группа начала было работу над новым, двенадцатым студийным альбомом (под рабочим названием R…. R…..), для которого было написано одиннадцать треков и который планировался к выходу в январе 2008 года. Тимо Толкки заявил, что альбом выйдет перед «массовым мировым туром». Однако альбому так и не суждено было выйти, в апреле 2008 года Тимо Толкки опубликовал объявление, в котором говорится, что Stratovarius прекратил свое существование. В открытом письме Толкки обвинил Тимо Котипелто и Йорга Михаэля в частых конфликтах друг с другом и с ним самим. Он также заявил, что творчество группы зашло в тупик и превратилось в чисто коммерческое.

Я отлично помню, как мы играли эти старые вещи раньше, и то, как мы играли их сейчас, означало лишь то, что у группы больше нет души. Я посмотрел по сторонам и почувствовал себя частью машины, и не было никаких новых ощущений, а то, что я делал, не доставляло никакой радости. Группа звучала ужасно. Никто не вкладывал душу в игру. Мы играли всё те же старые песни.

Практически все песни, написанные Тимо Толкки для незаконченного альбома Stratovarius, были выпущены на альбоме New Era его нового проекта Revolution Renaissance.

Остальные участники группы отреагировали ответным письмом, в котором обвинили Толкки в жадности и поспешили опровергнуть заявление о распаде группы. Котипелто, Михаэль, Порра и Йоханссон, подписавшиеся под письмом, собираются продолжать выступления под названием Stratovarius, на что Тимо Толкки дал добро, отказавшись от прав на название.