Во время тура по США к The Mars Volta присоединяется Пол Инохос (Paul Hinojos), основатель At the Drive-In и участник проекта Sparta. Решивший присоединиться к The Mars Volta, он ушёл из Sparta, заявив: «Я исчерпал все свои возможности со „Спартой“ и там уже не интересно». Таким образом, он занял место звукового манипулятора, которое раньше принадлежало Уорду. Инохос принимал участие в поездках группы в 2003 и в 2004 годах. В 2005 году группа приняла участие в туре в поддержку альбома вместе с System of a Down, а также выступила на фестивале All Tomorrow’s Parties вместе с такими коллективами как the Locust, Mastodon, Blonde Redhead, и Diamanda Galás, позже титулованный как «кошмар перед рождеством».

Вдобавок был выпущен альбом с живым выступлением Scabdates, 8 ноября 2005 года. Frances The Mute дебютировал на 4-ом месте в Billboard Top 200 и было продано около 465,000 копий в США.

Amputechture

Выпущен 8 Сентября 2006-го года в Европе, 9 Сентября в Австралии и 12-го — в США. Альбом сильно отличается по своему музыкальному содержанию от предыдущих двух.

Омар Родригес: «„Amputechture“ — всего лишь слово, которое было изобретено нашим другом. Ампутектура слова [смеётся] — это „ампутировать“ и „архитектура“ — слово само является описанием себя, своего процесса. Нам просто нравится, как оно звучит; оно создаёт в голове множество изображений того, чем оно может быть. И мы поняли, что оно очень подойдёт для процесса группы, потому что идея состоит в том, чтобы вырезать старые части, чтобы дать дорогу новым частям, и избавиться от определённых вещей, которые мы делали раньше, чтобы освободить место для новых понятий».

При создании Amputechture Бикслер-Завала не полагался только на один источник вдохновения для своей лирики — было несколько идей, которые занимали его голову в то время: "«Всё достаточно свободно, на самом деле, мне нравится то, как „Ночная галерея“ имела общую идею, что это галерея, и при этом каждая картина рассказывала свою историю, отличную от других. Мне кажется, мне хотелось бы создать альбом по этому же принципу. Главные мысли везде разные, но все песни связаны между собой странным образом. Каждая песня будет особым эпизодом, который связан с остальными так же, как в „Магнолии“ все эти разные герои сошлись в конце. Вот тема иммигрантских маршей, которые происходили здесь, я видел по новостям историю о женщине, которая была убита тем священником, потому что, предположительно, она была одержима. Это вдохновило меня написать о Западном феномене заключения кого-либо в тюрьму, если ты считаешь его сумасшедшим, поскольку в некоторых частях мира, таких как Южная Америка, люди вроде этой женщины считались бы шаманами. Этот альбом является комментарием к страху перед Богом вместо любви к Богу, который идёт за руку с Католицизмом. Для меня религия является причиной такого количества конфликтов в мире, и я думаю, совсем не обязательно верить в этого голубоглазого, белобородого, седовласого Бога. Amputechture — мой персональный способ описания просвещения, или просто праздник человека, который является шаманом и не является сумасшедшим. Это о шишковидной железе и содержащихся в ней элементах, способных имитировать опыт DMT, и как мы сможем найти лекарство от рака и СПИДа, если будем больше интересоваться тем, что происходит в тропических лесах. На этом альбоме мы приблизились к тому, чтобы не позволять никому знать, что происходит с музыкой, — каждый входил и записывал свою партию прямо там и тогда. Фрушианте узнал свою партию за пять минут до того, как мы её записали, и весь альбом был записан большими кусками. Это наиболее импровизационная вещь из того, что мы делали».