Именно Джону Фрушанте из Red Hot Chili Peppers принадлежит большее число гитарных партий, Омар говорил, что это позволяет ему видеть их музыку со стороны и больше обращать внимание на продюсирование. Также в группу пришёл из Sparta Пол Инохос. Вот как это комментирует Омар Родригес: «Это многое упростило для меня. Самое главное — это место Пола в наших жизнях, личность Пола, наша с Полом дружба. Мы годами играли с ним в другой группе, отсюда эта знакомость и этот комфорт от нахождения рядом с ним. И это действительно развязало мне руки как лидеру группы и как продюсеру альбома. Наряду с ним и с тем, что гитарные партии исполняет Джон Фрушианте, который по существу стал членом группы на этой записи, я мог научить их играть их партии и затем просто сидеть за пультом и действительно слышать звучание группы и иметь объективную точку зрения на то, что мы делаем».

Этот альбом вызвал наиболее противоречивую реакцию: отзывы варьировались от «попсовости» до «арт-рока» и «лучшей прогрессивной записи группы». Диск открывается тягучим почти на 8 минут треком, отмеченным сильными вокальными партиями Седрика. Второй трек «Tetragrammaton» открывается резким началом, возможно это одна из лучших композиций группы. Следом идёт почти коммерческая, но весьма приятная «Vermicide», потом слушатель окунается в близкую по характеру к «Tetragrammaton», но более инструментальную «Meccamputechture», переходящую в акустическую и загадочную «Asilos Magdalena». Затем идёт чуть ли ни танцевальная по своей драйвовости «Viscera Eyes». Далее выделяется «День Бафомета» («Day Of The Baphomets»), и завершается всё «El Ciervo Vulnerado», столь же тягучей как и 1-й трек.

The Bedlam in Goliath

В 2007 году барабанщик Thomas Pridgen присоединился к группе во время мартовского шоу в Новой Зеландии, где группа дебютировала

с новой песней «Idle Tooth», которая впоследствии была переименована на «Wax Simulacra» для будущего альбома.

Octahedron

Омар Родригес-Лопес упоминал о новом альбоме группы ещё в январе 2008 года, в том же месяце, когда был выпущен "The Bedlam in Goliath", говоря: "Я думаю о нём как о нашем акустическом альбоме". Седрик Бикслер-Завала изъявил желание, чтобы альбом не был выпущен на мэйджор-лейбле. В феврале Родригес-Лопес объявил, что "следующие две записи The Mars Volta уже готовы и ждут даты релиза".

14 апреля 2009 года группа анонсировала пятый альбом, названный "Octanhedron" (в переводе на русский - "Восьмигранник"). Он был выпущен 23 июня в США, а 22 июня - по всему миру. Для того, чтобы несколько "очистить" звучание группы, Родригес-Лопес попросил звукового манипулятора Пола Хинойоса и саксофониста Адриана Терразаса-Гонзалес покинуть группу. Затрагивая в беседу с прессой их уход, перкуссионист группы Марсель Родригес-Лопес говорил: "Похоже, как будто мы - полностью новая группа. У нас на два участника меньше - мы должны и играть по-другому.

Первый сингл, выпущенный в Северной Америке, был "Since we've been wrong". Первым европейским синглом была песня "Cotopaxi".

Noctourniquet

Шестой альбом The Mars Volta, выпущенный в 2012 году, основан на похождениях героя комиксов Соломоном Гранди и греческом мифе о прекрасном Гиацинте.

23 января 2013 года вокалист Седрик Бикслер-Завала заявил в своём твиттере, что покидает коллектив и пожаловался на Омара Родригеса-Лопеса. По словам Седрика, только он был заинтересован в существовании группы. Однако Омар больше занимался своими сайд-проектами. Из всего этого следует, что группа The Mars Volta прекратила своё существование.