В детстве часто болел, страдая от астмы, отита и синусита, при этом синусит лечили назальными гранулами радия, так как мало было известно о потенциальной опасности даже небольшого количества лечебной радиации. Образы носа также часто присутствовали в музыке и текстах, а также на обложках альбомов Заппы, созданных иллюстратором Cal Schenkel.

Многие детские болезни Заппы могли быть связаны с воздействием иприта. Здоровье Заппы резко ухудшилось после переезда в Балтимор. В 1952 году по состоянию здоровья сына семья перехала в Монтерей (штат Калифорния), где отец преподавал металлургию в Naval Postgraduate School. Вскоре семья переехала сначала в Клермонт, а затем в El Cajon, California, пока, наконец, не обосновалась в Сан-Диего.

Музыкальные влияния

В Сан-Диего Заппа присоединился к своей первой школьной группе, в которой он выступал в качестве ударника. Примерно в то же время родители купили ему фонограф, благодаря чему удалось собрать большую коллекцию грамзаписей, которую он хранил до конца жизни. Его интересовали звуки инструментов сами по себе, особенно звуки барабанов и перкуссии. В возрасте 12 лет он приобрёл малый барабан и начал изучать основы оркестровой перкуссии. Глубокий интерес Заппы к современной академической музыке начался после того, как он прочитал статью журнала Look (American magazine) о сети музыкальных магазинов Sam Goody, в которых можно было купить такие редкие пластинки, как первый том полного собрания сочинений Вареза. В этой статье пьеса Вареза Ionisation (Varèse) описывалось как «хаотичный перкуссионный беспорядок в сочетании с другими неприятными звуками», после этого Заппа заинтересовался творчеством композитора, и через год удалось найти один из альбомов (приметой для находки был «безумный учёный», изображённый на обложке). Не имея достаточно денег, Заппа убедил продавца одолжить запись со скидкой. Интерес к творчеству Вареза у Заппы сохранился на всю жизнь.

Заппа рос под влиянием таких авангардных композиторов, как Эдгар Варез, Халим Эль-Дабх, Игорь Стравинский, Антон Веберн, а также современного джаза, ритм-н-блюза и ду-вопа (в том числе The Medallions и местных пачуко-групп). Мультиэтническое происхождение, многонациональная и неоднородная социально-культурная среда Большого Лос-Анджелеса сыграли решающую роль в формировании Заппы как андеграундного музыканта, с открытым недоверием относящегося к мейнстриму как в музыке, так и в жизни общества и в политике, в частности, своих произведениях многократно высмеивал такие музыкальные направления, как психоделия, рок-опера и диско. Телевидение также оказало значительное влияние на творчество, о чём свидетельствуют цитаты из телепередач и рекламных роликов в поздних произведениях.

Юность и начало карьеры (1955—1960)

В 1956 году семья Заппы переехала в Ланкастер в Antelope Valley вблизи авиабазы Эдвардса. Мать одобряла интерес Фрэнка к музыке, и хотя ей не нравилась музыка Вареза, она разрешила сыну в день его пятнадцатилетия позвонить по междугородней связи Варезу. Варез в то время был в Европе, но удалось поговорить с женой композитора, позднее Варез написал Заппе письмо, в котором поблагодарил за интерес к его творчеству, рассказал о планах работы над пьесой Déserts, а также пригласил Фрэнка посетить его концерт в Нью-Йорке. Встреча так и не состоялась (Варез умер в 1965 году), но письмо Вареза Заппа заключил в раму и хранил всю жизнь.