Начиная с ответного матча 1/8 финала Кубка УЕФА 2005/2006 годов против марсельского «Олимпика», проходившего 16 марта 2006 года на стадионе «Петровский», предматчевое исполнение гимна стало происходить не перед стартовым свистком, а раньше — минут за 15—20 до начала игры. Это было связано с тем, что непосредственно перед началом матча игроки находятся в подтрибунных помещениях, готовясь к выходу на поле, и не слышат поющих болельщиков, а вот за 15 минут до стартового свистка футболисты, как правило, заканчивают предыгровую разминку на поле и исполнение гимна становится началом поддержки болельщиками футболистов «Зенита».

В октябре 2008 года в интервью газете «МК-Питер» голландский тренер «Зенита» Корнелиус Пот сказал, что ему нравится гимн болельщиков «Зенита», но он считает, что лучше исполнять «Город над вольной Невой…» не до начала матча, а после стартового свистка.

Было бы здорово, если вы в своей газете написали, что Кор Пот просит всех болельщиков делать это на глазах у игроков. Это же сумасшедшая психологическая зарядка перед игрой!

Номер с интервью вышел 15 октября. 28 октября, перед перенесённым матчем 20-го тура чемпионата России 2008 года, в котором «Зенит» дома принимал раменский «Сатурн», было распространено обращение объединения зенитовских фанатов «Фанатский вираж», в котором содержался призыв ко всем болельщикам исполнять «Гимн болельщиков „Зенита“» не перед матчем под «минусовую» фонограмму, а после стартового свистка без музыкального сопровождения.

Начиная с домашнего матча 6-го тура чемпионата 2009 года против ФК «Химки» «Гимн болельщиков „Зенита“» исполняется только один раз — сразу после стартового свистка. Такое решение было принято фанатами в связи с тем, что в финальные минуты зачастую решается результат матча и «Зениту» необходима активная, энергичная поддержка, а длинная и торжественная песня таковой не является.

В настоящее время «Город над вольной Невой…» исполняется один раз — сразу после начала игры без музыкального сопровождения. Гимн начинается по сигналу «заводящего» фанатского сектора. Если игра проходит на стадионе «Петровский» — на табло выводятся слова песни, а гимн поют болельщики всех секторов стадиона (за исключением занятых фанатами команды гостей), в том числе и VIP-сектора. На выездных матчах «Зенита» «Город над вольной Невой…» исполняется «зенитовской» трибуной. При исполнении гимна поющие встают, поднимают над головой шарфы с цветами клуба и размахивают флагами. Песня поётся полностью даже в том случае, если во время её исполнения «Зенит» забивает или пропускает гол. «Гимн болельщиков „Зенита“» исполняется на играх как основной, так и молодёжной команды клуба.

Исполнение гимна за пределами стадиона

Песня исполняется не только на стадионе. Болельщики поют «Город над вольной Невой…», например, на улицах Санкт-Петербурга во время празднования побед клуба. Провожая уволенного главного тренера Властимила Петржелу, болельщики исполнили «Город над вольной Невой…» в петербургском аэропорту Пулково. Эта песня звучала в аэропорту и во время проводов сменщика Петржелы — Дика Адвоката, причём нидерландского тренера это растрогало до слёз. Во время празднований, посвящённых завоеванию «Зенитом» спортивных трофеев, игроки команды зачастую поют гимн вместе с болельщиками. Так было, например, вечером 11 ноября 2007 года, когда переполненный «Петровский» чествовал команду, только что вернувшуюся из Раменского, где впервые в российской истории петербургский клуб стал чемпионом; так было 15 мая 2008 года, когда болельщики на ступеньках спортивно-концертного комплекса «Петербургский» встречали игроков и тренеров, приехавших туда сразу после возвращения из Манчестера, где был завоёван Кубок УЕФА. Совместное исполнение «Города над вольной Невой…» болельщиками и командой стало прологом официального празднования победы «Зенита» в чемпионате 2010 года, которое прошло 2 декабря 2010 года в петербургском Ледовом дворце.