Со временем, в возрасте 23 лет, Джон стал капитаном корабля и в течение 6 лет занимался торговлей рабов, перевозя их от берегов Африки до Америки. Его последнее плавание к побережью Африки в 1748—1749 году стало последним в его морской карьере. Тогда на корабле начала свирепствовать лихорадка, которой заболели и рабы, и команда флота. Ньютон оказался в числе первых заболевших, но при этом он всё-таки чудом смог выжить. Позднее Ньютон вспоминал, что во время его последнего плавания, с ним произошли заметные перемены. Он не только в корне изменил отношение к работорговле, но и манеру своего поведения, сумев избавиться от профанации. После перенесённой болезни, Джон всерьёз задумался о том, чтобы отказаться от работорговли. Во время одного из промежуточных рейсов, в 1750 году, состоялась его свадьба с Полли. После женитьбы Ньютону стало всё тяжелее переносить разлуку с любимой женщиной на время каждой поездки. После трёх происшествий на корабле, за проявленные отвагу и мужество Ньютону обещали должность капитана на судне, не занимавшимся работорговлей. Однако в возрасте тридцати лет с Ньютоном случился обморок, вынудивший его остаться дома. После этого, Ньютон больше никогда не выходил в море и принял решение работать в таможне Ливерпуля. Именно тогда он начал много времени уделять изучению Библии и настолько углубился в это занятие, что принял решение стать проповедником. В 1758 году Ньютон отказался от предложения архиепископа Йоркского, по видимости потому, что не хотел получать учёную степень в университете. Хотя, наиболее вероятной причиной, могла стать его склонность к баптизму и методизму. Получить духовный сан оказалось не такой простой процедурой, но вскоре Ньютону предложили приход в Олни, небольшом городке в графстве Бакингемпшир, и в июне 1764 года Ньютон стал священником англиканской церкви. Ньютон также преподавал латинский, греческий языки и богословие.

Джон Ньютон скончался 21 декабря 1807 года в возрасте 82 лет. В своей последней проповеди он сказал:

История создания гимна

«Гимны Олни»

Население английской деревни Олни, где главным занятием жителей являлось изготовление кружев ручной работы и сельское хозяйство, составляло приблизительно 2500 человек. Большинство её жителей были малообразованны и бедны. С появлением в Олни священнослужителя Джона Ньютона местная конгрегация претерпела значительные изменения. Жители, и особенно прихожане, называли пасторскую работу Ньютона уникальной прежде всего потому, что Ньютон честно признавал совершённые им грехи. В то время как большинство представителей духовенства проповедовали, соблюдая определённую дистанцию в общении со своими прихожанами, Ньютон был более открыт им. Своей миссией Ньютон называл стремление «разбить твёрдое сердце и излечить разбитое сердце». Его ревностное служение церкви и признание собственной греховности вызывали любовь и уважение со стороны прихожан. В новом приходе Ньютон познакомился с одарённым поэтом Уильямом Купером, судьба которого была во многом похожа на судьбу самого Ньютона. Имея в прошлом проблемы с законом, Уильям страдал приступами безумия, в период которых поэт несколько раз предпринимал попытки самоубийства. Купер был плохо знаком с окрестностями Олни, но тем не менее полюбил деревню и, решив не расставаться с близким другом, поселился в одном из домов. В связи с увеличившимся числом прихожан в церкви, Купер и Ньютон решили проводить еженедельные молитвенные собрания, а также начали писать церковные тексты для детей. Общий вклад, внесённый Купером и Ньютоном в развитие местной конгрегации, был весьма внушителен и заметен. В 1768 году число прихожан резко возросло.