Призывная комиссия по результатам освидетельствования признала Эндо годным к службе, однако в армию он так и не был призван из-за обнаруженного в последний момент плеврита, давшего ему право на отсрочку, истечение которой совпало с завершением войны. После окончания войны Эндо на волне роста своего интереса к французской литературе поступил на соответствующее отделение филологического факультета Университета Кэйо, начав специализироваться на литературе современных писателей-католиков (Мориак, Бернанос и др.). Первый год учёбы в университете ознаменовался также началом многолетней дружбы с Сётаро Ясуокой и возвращением в родной дом после разрешения конфликта с отцом.

На 1947 год пришлись первые публикации Эндо, дебютировавшего в качестве эссеиста. По просьбе одного из своих однокурсников, подрабатывавшего в издательстве «Кадокава-сётэн», им была написана статья «Божества и Бог» (神々と神). Работа привлекла внимание видного литератора Дзиндзай и по его рекомендации была опубликована в известном журнале «Сики» («Времена года») того же издательства. Своё развитие статья получила в являвшемся по сути программным и предвосхищавшим основные темы Эндо-романиста очерке «Что значит быть писателем-католиком» (カトリック作家の問題), опубликованном на страницах «Мита бунгаку».

После окончания университета в 1949 году Эндо поступил на службу в издательство «Библиотека Камакуры», где принимал участие в работе над энциклопедией зарубежной литературы ХХ века. Энциклопедия опубликована не была в связи с финансовыми трудностями, которые в послевоенные годы стало испытывать издательство. В конце того же года в журнале «Косэй» («Индивидуальность») вышла критическая статья Эндо «Такэда — кастрация духа» (精神の腐刑ー武田泰淳論), а также началась его работа в издательстве «Католический дайджест», куда он был принят вместе с демобилизованным старшим братом. Ранняя эссеистика Эндо приняла некоторую огласку в литературных кругах Японии того времени, что способствовало его принятию в состав членов додзинси «Мита бунгаку».

Учёба во Франции

В 1950 году Эндо оказался во Франции, войдя в число первых японских студентов, отправленных в послевоенные годы за рубеж на государственные средства для продолжения образования. После недолгого пребывания в Марселе и Руане, он переехал в Лион, где в местном университете приступил к исследованию современной католической литературы. Обучение в университете Лиона длилось два с половиной года, после чего Эндо перебрался в Париж, планируя там продолжить свои исследования, однако в связи с резким ухудшением состояния здоровья и вызванным этим двухмесячных нахождением в госпитале Журден был вынужден в 1953 году вернуться в Японию. Ещё находясь во Франции, при посредничестве участников «Мита бунгаку» Эндо отослал в Японию целую серию эссе о своём пребывании за рубежом для публикации в журнале «Гундзо» и «Католическом дайджесте». Серия открывалась эссе «Похождения французского студента» (恋愛とフランス大学生). После возвращения Эндо в Японию весь цикл был переиздан отдельной книгой, получившей название «Французский студент» (フランスの大学生). После возвращения из Франции Эндо возобновил работу в «Католическом дайджесте», редакцию которого он возглавил.

После возвращения в Японию

С 1954 года Эндо начал преподавать в Токийском институте культуры. В том же году при посредничестве Сётаро Ясуоки сблизился с кругом литераторов, впоследствии вошедших во главе с самим Эндо в историю литературы Японии как «третьи новые». В конце 1954 года была написана дебютная для Эндо повесть «До Адена», получившая высокую оценку в кругу участников «Мита бунгаку», где она и была опубликована. В том же году Эндо тяжело пережил кончину своей матери, под сильным влиянием которой он находился вплоть до её смерти. Образ матери и его метаморфозы лёгли во многом в основу своего рода женского истолкования Христа и примата женского начала во многих дальнейших произведениях писателя.