Мать Гоголя Мария Ивановна (1791—1868), рожд. Косяровская, была выдана замуж в возрасте четырнадцати лет в 1805 году. По отзывам современников, она была исключительно хороша собой. Жених был вдвое старше её. Помимо Николая в семье было ещё одиннадцать детей. Всего было шесть мальчиков и шесть девочек. Первые два мальчика родились мёртвыми. Гоголь был третьим ребёнком. Четвёртым сыном был рано умерший Иван (1810—1819). Затем родилась дочь Мария (1811—1844). Все средние дети также умерли в младенчестве. Последними родились дочери Анна (1821—1893), Елизавета (1823—1864) и Ольга (1825—1907).

Жизнь в деревне до школы и после, в каникулы, шла в полнейшей обстановке украинского быта, как панского, так и крестьянского. Впоследствии эти впечатления легли в основу малороссийских повестей Гоголя, послужили причиной его исторических и этнографических интересов; позднее из Петербурга Гоголь постоянно обращался к матери, когда ему требовались новые бытовые подробности для его повестей. Влиянию матери приписывают задатки религиозности и мистицизма, к концу жизни овладевшими всем существом Гоголя.

В возрасте десяти лет Гоголя отвезли в Полтаву к одному из местных учителей, для приготовления к гимназии; затем он поступил в Гимназию высших наук в Нежине (с мая 1821 по июнь 1828). Гоголь не был прилежным учеником, но обладал прекрасной памятью, за несколько дней готовился к экзаменам и переходил из класса в класс; он был очень слаб в языках и делал успехи только в рисовании и русской словесности.

В плохом обучении была, по-видимому, отчасти виновата и сама гимназия высших наук, в первые годы своего существования не слишком хорошо организованная; например, история преподавалась методом зубрёжки, преподаватель словесности Никольский превозносил значение русской литературы XVIII века и не одобрял современной ему поэзии Пушкина и Жуковского, что, впрочем, лишь усиливало интерес гимназистов к романтической литературе. Уроки нравственного воспитания дополнялись розгой. Доставалось и Гоголю.

Недостатки школы восполнялись самообразованием в кружке товарищей, где нашлись люди, разделявшие с Гоголем литературные интересы (Герасим Высоцкий, по-видимому, имевший тогда на него немалое влияние; Александр Данилевский, оставшийся его другом на всю жизнь, как и Николай Прокопович; Нестор Кукольник, с которым, впрочем, Гоголь никогда не сходился).

Товарищи выписывали в складчину журналы; затеяли свой рукописный журнал, где Гоголь много писал в стихах. В то время он писал элегические стихотворения, трагедии, историческую поэму и повесть, а также сатиру «Нечто о Нежине, или Дуракам закон не писан». С литературными интересами развилась и любовь к театру, где Гоголь, уже тогда отличавшийся необычным комизмом, был самым ревностным участником (ещё со второго года пребывания в Нежине). Юношеские опыты Гоголя складывались в стиле романтической риторики — не во вкусе Пушкина, которым Гоголь уже тогда восхищался, а скорее во вкусе Бестужева-Марлинского.

Смерть отца была тяжёлым ударом для всей семьи. Заботы о делах ложатся и на Гоголя; он даёт советы, успокаивает мать, должен думать о будущем устройстве своих собственных дел. Мать боготворит своего сына Николая, считает его гениальным, она отдаёт ему последнее из своих скудных средств для обеспечения его нежинской, а впоследствии петербургской жизни. Николай также всю жизнь платил ей горячей сыновней любовью, однако полного понимания и доверительных отношений между ними не существовало. Позднее он откажется от своей доли в общем семейном наследстве в пользу сестёр, чтобы целиком посвятить себя литературе.