Логическим продолжением этой повести стала увидевшая свет книга «Находится в розыске», посвященная поискам легендарной библиотеки Ивана Грозного. Московский журналист В.Виноградов отмечал в рецензии на книгу: Борис Сударушкин – один из немногих современных авторов, который умеет просто и увлекательно писать о сложнейших загадках истории, чье творчество одинаково интересно и взрослым и юным читателям, профессиональным историкам и рядовым любителям истории, поклонникам серьезной исторической прозы и увлекательного исторического детектива.

В начале нового тысячелетия у Сударушкина появляется интерес к экологической тематике, защите окружающей среды, борьбе с техногенными источниками загрязнения. Как следствие, выходят его книги «Полвека на службе экологии» и «За чистое небо».

30 сентября 2001 года трагически погиб сын писателя — выпускник исторического факультета ЯГПУ, учитель истории Семибратовской средней школы, автор нескольких книг, 24-летний Михаил Сударушкин. Он страдал от сахарного диабета, а незадолго до смерти сломал ногу, в результате чего началось заражение, повлекшее за собой летальный исход. Это надолго выбило Бориса Михайловича из колеи. Как раз после трагической смерти сына отец прекратил и выпуск журнала «Русь». Понятно, почему в 2003 году его новым произведением стала книга воспоминаний о Михаиле «Талантливый был парень».

В 2003 году Борис Сударушкин стал первым редактором газеты «На страже экологии», в следующем году создал поселковую газету «Дорогое моё Семибратово», позднее переименованную в «Дорогие мои земляки».

В 2005 году появилась книга Сударушкина «Потаенное и сокровенное», составленная из опубликованных и ранее неопубликованных материалов, созданных за 30 лет литературной работы. Через год — уже в общем комплекте — увидела свет и тетралогия «Тайны Золотого кольца». Кроме того, в 2006-м Борис Михайлович выпустил работу «Семибратово» об истории и сегодняшнем дне посёлка.

В 2007 году в Ярославле вышла книга «Ярославцы и Ярославский край в русской истории» с подзаголовком «По страницам журнала „Русь“». Авторы книги — отец и сын Сударушкины. Часть материалов представляет собой своеобразные рецензии на «ярославские» публикации журнала «Русь», другие очерки были опубликованы в книжном приложении к журналу. В аннотации к книге говорилось: Вместе с авторами читатели совершат путешествия во времени в Берендеево царство и Ростовское княжество, в заповедную Кураковщину и некрасовскую Карабиху, в пошехонский край и в русскую Атлантиду на дне Рыбинского водохранилища. Краеведческие очерки отца и сына Сударушкиных доступно и занимательно рассказывают о прошлом Ярославля и о переломных событиях русской истории, о замечательных земляках-ярославцах и о связи с Ярославским краем великих русских имен: Александра Невского, Дмитрия Пожарского, Петра Первого, А. Пушкина, Н. Некрасова, А. Островского, М. Салтыкова-Щедрина, А. Сухово-Кобылина, М. Пришвина, Н. Морозова и др. У авторов книги свой, порой спорный взгляд не только на прошлое Ярославского края, но и на многие события всей русской истории.

В январе 2008 года Сударушкин выступил с предложением создать на базе посёлка Семибратово, в котором расположены сразу три экотехнических предприятия, наукоград, специализирующися на вопросах охраны окружающей среды.

В 2008 году вышла книга Бориса Сударушкина «Три портрета с автографом», в которую вошли биографические очерки о его сыне - краеведе, поэте и историке Михаиле Сударушкине (1977-2001), литературоведе Олеге Попове, спасшего в годы войны домик Лермонтова в Пятигорске, и Константине Брендючкове, который выжил в фашистском концлагере «Бухенвальд» и известен старшему поколению своим романом «Дважды рождённые».

В 2011 году Борис Сударушкин подготовил к печати книгу «Сказание о Ростове Великом, затерянном граде Китеже и замечательных ростовцах», написанную совместно с сыном Михаилом. В том же году небольшим тиражом была опубликована и книга «Ростов Великий, неизвестный Ярославль и Господин Великий Новгород». С содержанием этих книг можно ознакомиться на сайтах Бориса и Михаила Сударушкиных.