Растения сада Клиффорда уже были до Линнея описаны в Viridarium Cliffortianum. В Hortus Cliffortianus Линней поместил, кроме того, описание обширных гербарных коллекций Клиффорда. В общем, были описаны 2536 родов и видов растений, из них 1251 происходили из сада Клиффорда. Линней упорядочил список по системе, установленной им в Genera Plantarum и Systema Naturae. Для названий растений он использовал Critica Botanica. При видах растений он перечислял все их синонимы, которые он мог найти в доступной ему литературе. Он внёс также сведения о происхождении растений. В частности, для европейских растений он использовал Pinax Theatri Botanici Каспара Баугина.

На первых шести страницах (dedicatoria) Линней перечислил самых замечательных, с его точки зрения, покровителей ботаники: Карла III Вильгельма Баден-Дурлахского, Жана Батиста Гастона де Бурбона, Джузеппе дель Боско, Якоба Делагарди, Hendrik Adriaan van Reede tot Drakestein, Георга Эберхарта Румфа, Уильяма Шерарда, Gian Francesco Morosini, Caspar Bose, Simon van Beaumont, кардинала Odoardo Farnese (cardinale) и Johann Konrad von Gemmingen. Естественно, что Линней не забыл упомянуть и своего в то время работодателя.

Затем следует уведомление читателя (lectori botanico), объяснение текста и синонимов, происхождение растений и разные методы выращивания растений с разных континентов. В конце главы Линней с благодарностью упомянул Германа Бургаве, Адриана ван Ройена, Иоганна Георга Сигезбека, Альбрехта фон Галлера, Йоханнеса Бурмана, Willem Röell (1700-1775), Яна Фредерика Гроновиуса и Филипа Миллера за растения и семена, которые те прислали саду Клиффорда.

В главе Bibliotheca Botanica Cliffortiana на семнадцати ненумерованных страницах Линней педантично перечислил состав библиотеки Клиффорда в соответствии с теми же принципами, которые он уже применил в Bibliotheca Botanica. Сюда включены как 295 названий преимущественно ботанических книг, так и несколько книг, например, о химии, теологии и философии. Книги, как и растения, Линней разделил на «классы», начиная с «отцов ботаники», греков и римлян, а затем Commentatores, Ichniographi и Descriptatores. Затем следуют монографии и т. д., в общей сложности 16 классов. Этот список является важным не только потому, что он даёт представление о литературе, которую Линней имел в своём распоряжении для работы над Hortus Cliffortianus, но и о тех работах, которые он мог использовать для написания своего opus magnum — Genera Plantarum.

После каталога библиотеки следуют списки сокращений, четыре страницы с описаниями различных форм листьев у растений, проиллюстрированные двумя гравюрами, и шесть страниц систематического списка родов с указанием числа видов для каждого из них.

Основная часть книги — каталог гербария Клиффорда и список растений в саду и теплицах Гартекампа, причём Линней не делает различия между живыми и засушенными (гербарными) растениями. Тридцать четыре таблицы с гравюрами, изображающими растения, разбросаны по этой части книги. Линней не даёт описания родов. Он отсылает читателя к своей книге Genera Plantarum и отмечает в предисловии, что несколько родов, которые не встречаются в Genera Plantarum, он описал после выхода последней книги. Кроме того, он в Hortus Cliffortianus никогда не объясняет свою систему классификации растительного мира.

У Hortus Cliffortianus нет оглавления в настоящем смысле. Формально работа для лучшей ориентации разбита на следующие главы:

• Dedicatio
• Lectori Botanico
• Bibliotheca Botanica Cliffortiana
• Genera Foliorum (3 класса)
• Methodus Plantarum In Horto Cliffortiano
• Основная часть (с родами от Canna до Cellipora)
• Vaga
• • Vaga Palmae
  • Vaga Tournefortianea
  • Vaga Plumerianea
  • Vaga Miscellanea
  • Vaga Indefinita
• Appendix
• • Appendix Generum
  • Appendix Specierum
• Addenda
• Index. Numerus paginam donat
• Ratio. Nominum genericorum receptorum