Однако уже после смерти Ньюболда криптолог Джон Мэнли (John Manly) из Чикагского университета (University of Chicago) отметил серьёзные недостатки в этой теории. Каждая чёрточка, содержащаяся в символах рукописи, допускала несколько интерпретаций при расшифровке без достоверного способа выявить среди них «верный» вариант. Метод Уильяма Ньюболда также требовал перестановки «букв» рукописи до тех пор, пока не получался осмысленный текст на латыни. Это приводило к выводу о том, что с помощью метода Ньюболда можно получить практически любой желаемый текст из рукописи Войнича. Мэнли доказывал, что эти чёрточки появились в результате растрескивания чернил при их высыхании на грубом пергаменте. В настоящее время теория Ньюболда практически не рассматривается при расшифровке рукописи.

Стеганография

Эта теория основана на предположении о том, что текст книги по большей части бессмыслен, но содержит информацию, спрятанную в незаметных деталях, например, вторая буква каждого слова, количество букв в каждой строке и т. п. Техника кодирования, называемая стеганографией, очень стара и была описана ещё Иоганном Тритемием в 1499 году. Некоторые исследователи предполагают, что обычный текст был пропущен через что-то вроде решётки Кардано. Эту теорию сложно подтвердить или опровергнуть, так как стеготекст бывает трудно взломать без наличия каких-либо подсказок. Аргумент против этой теории может быть тот, что наличие текста на непонятном алфавите встаёт в противоречие с предназначением стеганографии — сокрытием самого существования какого-либо секретного послания.

Некоторые исследователи предполагают, что осмысленный текст мог быть закодирован в длине или форме отдельных росчерков пера. Действительно, существуют экземпляры стеганографии того времени, которые используют начертание букв (курсивное или прямое начертание) для скрытия информации. Однако после исследования текста манускрипта при высоком увеличении росчерки пера кажутся достаточно естественными, и в значительной степени различия в начертании букв вызваны неровной поверхностью пергамента.

Естественный язык

Лингвист Jacques Guy предположил, что текст манускрипта Войнича может быть написан на одном из экзотических естественных языков, с помощью изобретённого алфавита. Структура слов действительно сходна со встречающейся во многих языковых семьях Восточной и Центральной Азии, в первую очередь китайско-тибетской (китайский, тибетский, бирманский), австроазиатской (вьетнамский, кхмерский) и, возможно, тайской (тайский, лаосский и др.). Во многих из этих языков «слова» (наименьшие языковые единицы с определённым значением) имеют лишь один слог, а слоги имеют достаточно богатую структуру, включая тоновые составляющие (основанные на использовании повышения и понижения тона для различения смысла).

Эта теория имеет некоторое историческое правдоподобие. Названные языки имели собственную, неалфавитную, письменность, и их системы письма были трудны для понимания европейцев. Это дало толчок к появлению нескольких фонетических систем письма, в основном на основе латиницы, но иногда изобретались и оригинальные алфавиты. Хотя известные образцы подобных алфавитов значительно моложе манускрипта Войнича, исторические документы говорят о множестве исследователей и миссионеров, которые могли создать подобную систему письма — даже до путешествия Марко Поло в XIII веке, но особенно после открытия морского пути в страны Востока Васко да Гама в 1499 году. Автором манускрипта также мог быть уроженец Восточной Азии, живший в Европе или получивший образование в европейской миссии.