Вторжение в Кувейт вызвало единодушное осуждение мирового сообщества. На Ирак были наложены санкции, и по мандату ООН была создана международная коалиция, ведущую роль в которой играли США, пользовавшиеся поддержкой всех стран НАТО и умеренных арабских режимов. Сосредоточив в Индийском океане и Персидском заливе мощную военную группировку, США и их союзники провели операцию «Буря в пустыне», разгромив иракские войска и освободив Кувейт (17 января — 28 февраля 1991).

Успехи войск коалиции вызвали всеобщее восстание против режима, как на шиитском юге, так и на курдском севере Ирака, так что в какой-то момент восставшие контролировали 15 иракских провинций из 18. Саддам подавил эти восстания, используя высвободившиеся после заключения мира части Республиканской гвардии. Правительственные войска подвергли удару важнейшие шиитские святыни и мечети, где собирались повстанцы. Западные журналисты, побывавшие в Кербеле после подавления восстания, свидетельствовали: «На расстоянии пятисот ярдов от двух святынь (гробниц имама Хусейна и его брата Аббаса) разрушения напоминали Лондон на пике его бомбардировок германской авиацией во время Второй мировой войны». Подавление восстания сопровождалось пытками и массовыми казнями мусульман-шиитов, расстрелами подозреваемых в оппозиционной деятельности на стадионах или с применением вертолётов. Расправившись с шиитами, Багдад бросил войска против курдов. Они быстро вытеснили курдов из городов. Авиация бомбила селения, дороги, места скопления беженцев. Десятки тысяч мирных жителей устремились в горы, где многие из них погибли от холода и голода. В ходе подавления курдского восстания более 2 млн курдов стали беженцами. Жестокость, с которой режим расправлялся с восставшими, заставила коалицию ввести «бесполётные зоны» на юге и севере Ирака и начать гуманитарную интервенцию (операция «Provide Comfort») на севере Ирака. Осенью 1991 иракские войска покинули три северные провинции (Эрбиль, Дахук, Сулеймания), где под прикрытием международных войск было создано курдское правительство (так наз. «Свободный Курдистан»). Между тем в областях, возвратившихся под его власть, Саддам продолжал политику репрессий: это относилось как к Киркуку и другим районам Курдистана, где продолжалась «арабизация» (изгнание курдов с передачей их домов и земель арабам), так и на шиитском юге, где убежища повстанцев — болота в устье Шатт-эль-Араба — были осушены, а проживавшие там племена «болотных арабов» выселены в специально построенные и целиком подконтрольные посёлки.

Несмотря на победу международной коалиции, санкции (как военные, так и экономические) с Ирака сняты не были. Ираку было выдвинуто условие, что жёсткие экономические санкции против него сохранятся вплоть до полной ликвидации всего оружия массового поражения, включая ядерное, химическое и биологическое. В Ирак были направлены представители международных организаций для контроля за возможным производством и хранением оружия массового уничтожения. Режим санкций был несколько смягчён в 1996 году, когда была принята программа ООН «Нефть в обмен на продовольствие», предусматривавшая продажу под контролем ООН иракской нефти с последующей закупкой (той же организацией) продовольствия, медикаментов и т. д. Эта программа, однако, стала источником коррупции как для администрации ООН, так и для самого Саддама Хусейна.