Саддама Хусейна арестовали 13 декабря 2003 года в подвале деревенского дома близ селения Ад-Даур, под землёй, на глубине около 2 м, в 15 км от Тикрита. При нём обнаружили 750 тыс. долларов, два автомата Калашникова и пистолет; вместе с ним были арестованы ещё два человека. Отвечая на вопрос журналистов, в каком состоянии находился свергнутый иракский лидер, командующий вооружёнными силами США в Ираке Рикардо Санчес сказал: «Он производил впечатление уставшего человека, вполне смирившегося со своей судьбой». По словам генерала, Саддама вытащили из подвала в 21:15 по местному времени. Вскоре на весь мир транслировались кадры, как американский врач обследует уставшего, взъерошенного, обросшего и грязного старика, который некогда был всесильным президентом Ирака. Несмотря на это, история с арестом Хусейном противоречива. Существует версия, что Саддама арестовали не 13 числа, а 12 декабря и в ходе ареста он отстреливался из пистолета со второго этажа частного дома в Тикрите, убив при этом американского пехотинца. По официальным американским данным, за день 12 декабря в Ираке погибло двое военнослужащих США — один в Багдаде, другой в Рамади.

Вопреки надеждам американцев, их действия были восприняты в Ираке далеко не однозначно. Они нашли полную поддержку у курдов, весьма умеренную у шиитов и полное отторжение у суннитов, увидевших, что они лишаются своего традиционно господствующего положения в Ираке. Результатом стало массовое суннитское вооружённое движение под лозунгом «восстановления независимости Ирака», направленное как против американцев, так и против шиитов.

19 октября 2005 года начался суд над бывшим президентом Ирака. Специально для него в Ираке была восстановлена смертная казнь, которая на какое-то время была отменена оккупационными войсками.

Саддаму Хусейну были предъявлены обвинения в следующих преступлениях:

• Геноцид курдов в 1987-88 годах (операция Анфаль).
• Применение миномётов при обстреле Киркука.
• Подавление восстания шиитов в 1991 году.
• Массовая резня в шиитском селении Дуджейле в 1982 году.
• Принудительное выселение нескольких тысяч курдов-файли (курды-шииты) в Иран.
• Применение химического оружия против курдов в Халабдже в 1988 году.
• Казнь 8000 представителей курдского племени Барзан в 1983 году.
• Вторжение в Кувейт в 1990 году.
• Казни видных религиозных деятелей.
• Казни видных политических деятелей.
• Преступления против религиозных движений.
• Преступления против политических партий.
• Преступления против светских общественных движений.
• Проведение после 1991 года работ по строительству дамб, каналов и плотин на юге Ирака, что привело к пересыханию Месопотамских болот и превращении этой области в соляную пустыню.

Первый эпизод, с которого начался процесс, — убийство жителей шиитской деревни аль-Дуджейль в 1982 году. По версии обвинения, 148 человек (включая женщин, детей и стариков) были убиты здесь за то, что в районе этой деревни было предпринято покушение на Саддама Хусейна. Саддам признал, что приказал отдать под суд 148 шиитов, а также приказал разрушить их дома и сады, но отрицал причастность к их убийству.

Суд проходил в бывшем президентском дворце, который является частью «зелёной зоны» — особо укреплённого района столицы, где находятся иракские органы власти и расквартированы американские войска. Саддам Хусейн именовал себя президентом Ирака, не признавал своей вины в чём бы то ни было и отказывался признавать легитимность суда.