В начале 13 века завоевание Чингисхана нанесло тяжёлый удар развитию литературы, в первую очередь — на территории Средней Азии, подвергшейся наиболее жестокому и опустошительному набегу. Почти на 2 столетия литературная жизнь здесь замерла. Персоязычная литература продолжала развиваться в уцелевших или же мало пострадавших от нашествия областях: на севере Индии (Амир Хосров Дехлеви), на юге Ирана (Муслихаддин Саади и его современники), в Малой Азии (Джалаледдин Руми). Эта литература выполнила великую историческую миссию, сохранив и пронеся идеи гуманизма сквозь годы монгольского владычества и завоеваний Тимура. В XV веке литературная жизнь в Средней Азии постепенно восстанавливалась. Крупным центром культурной и литературной жизни становится Герат, где во время правления последних Тимуридов были сосредоточены лучшие поэты и писатели не только Средней Азии, но и других областей Ирана и Афганистана. Во главе литературного движения стояли таджикский поэт Абдуррахман Джами (1414—1492) и узбекский поэт Алишер Навои (1441—1501), которые своим творчеством не только выражали передовые идеи времени, но и способствовали взаимосвязи и взаимообогащению таджикской и узбекской литератур.

В течение XVI—XIX веков — эпоху разложения феодализма — в таджикской литературе наблюдается кризис придворной поэзии — основы персидской литературной традиции. Начинает развиваться городская литература, критикующая и высмеивающая феодальные порядки. Всё чаще встречаются в литературных произведениях элементы живого разговорного языка. Особенность этого периода — разнообразие жанров. У одного и того же поэта можно было встретить как «низкие» популярные, так и «высокие» философские и религиозные жанры.

Один из наиболее значительных поэтов XVI века, так называемого шейбанидского периода, придворный поэт Мулло Мушфики (1525—1588) жил и служил при дворах правителей Бухары и Самарканда. Наиболее известны в Средней Азии его сатирические стихи, высмеивающие феодальные порядки. Он — зачинатель в таджикской поэзии формы «мусалласи мураккаб» — трехстишия, в которых рифмуются первые две строки. Лирика Мушфики — сборники газелей и касыд, поэмы «Цветник Ирема», «Поэма о вине», «Отражающий мир» — образец поэтического мастерства, простоты и остроумия. Мушфики вошёл в таджикский фольклор и как остроумный герой народных анекдотов.

Другие имена таджикских литераторов XVI века — поэт Бинои (ум. 1512) и Зайнетдин Восифи, описавший в своих мемуарах образ жизни литературных кружков того времени.

Из авторов XVII-XVIII веков, так называемого аштарханидского периода, наиболее известны поэт Сайидо Насафи, выразивший в своем творчестве протест против феодального угнетения; Хоки из Самарканда, известный своим социально-сатирическим циклом прозаических басен о животных; Машраб из Намангана, казнённый в 1711 за произведения, направленные против духовенства, Фтират Зардуз из Самарканда — автор месневи Толиб и Матлуб.

В области элитарной поэзии с мистическими суфийскими настроениями и стилевыми поисками наиболее ярким и значительным было имя поэта и мыслителя Мирзо Абдул-Кадыра Бедиля/Биделя (1644—1721) из Азимбада, Бенгалия, Индия. Бедиль в юности был дервишем, знахарем и аскетом, но позже не только не отвергал мирскую жизнь, но и сурово порицал отрешённое и бездеятельное упование на Бога, прославляя всякий труд. В оценке его творчества у правоверных исламистов нет определённой позиции — одни считают его стихи истинно религиозными, другие — атеистическими, так как в них содержится критика феодализма и официального ислама. В Индии, за пределы которой поэт не выезжал, он известен не был, однако его творчество — а Бедиль писал на фарси — оказало огромное влияние на литературу Средней Азии, и таджикскую в частности. Его поэтическое и прозаическое наследие — месневи Тилисм-и хайрат (Талисман озарения), поэма Ирфан (Откровение) и др., где простые слова слагались в сложнейшие метафоры, глубокие и певучие, считается классикой так называемого «индийского стиля».