О существовании «Тайной истории» было известно из Суды, где она упоминалась как Anekdota (Ἀνέκδοτα, «неопубликованное»). Название Anekdota, вероятно, не принадлежит Прокопию, а является результатом более поздней дедукции авторов Суды и, возможно, является отсылкой к тем анекдотам в стиле Феопомпа, которые Цицерон собирался написать для Аттика. Единственный византийский автор, явно упоминавший данное произведение, Никифор Каллист (не видевший его, впрочем, собственными глазами), называет его ἀντίρρησις (antirrhēsis) — «опровержение», вид палинодии). Исследователи считают, что это является признаком того, что Прокопий умер, не успев завершить свою работу до конца.

Вероятно, ни один византийский автор не знал о «Тайной истории» до X века, и на Западе она была почти не известна, хотя произведение и упоминал живший при Франциске I французский археолог Пьер Жиль (Petrus Gyllius). С течением времени произведение было утрачено и вновь открыто только в XVII-м веке сотрудником Ватиканской библиотеки Никколо Аламанни и опубликовано в Лионе в 1623. Вскоре после выхода текста появился ряд сочинений, направленных как против самого памятника, так и против комментариев к нему — появившись в разгар Контрреформации, текст стал орудием в борьбе легистов и куриалистов.

В то время сочинения Прокопия пользовались на Западе заслуженной известностью, поддерживая славу создателя Corpus iuris civilis, дополняя его образ чертами монарха-завоевателя, способного противостоять епископам Рима. Поэтому в защиту памяти императора лучшие юристы того времени, среди которых можно назвать Thomas Ryves и Габриэля Тривориуса, написали свои труды. С другой стороны, в своих «Анналах» кардинал Бароний обвинял в ереси императрицу Феодору, преследовавшую папу Сильверия, и сомневался в православии самого императора. В предисловии к своему изданию, Аламанни, не ограничиваясь чисто научным комментарием, указал на неприятность «Тайной истории» для юристов.

История переводов и изданий

Известные рукописи

Для подготовки своего издания Алеманни использовал только две рукописи, хранившиеся в Ватиканской библиотеке. В конце XIX века в результате усилий М. Н. Крашенинникова было известно 12 рукописей «Тайной истории»: