Многопользовательский режим

• Появилась возможность изменения внешнего вида персонажа и вооружения.
• Многопользовательский режим стал важной частью сюжета, раскрывающей деятельность Абстерго.
• Расширился ассортимент способностей персонажей.

Сюжет

Сюжет игры начинается с того, что Дезмонд очнулся в первичной тестовой программе Анимуса, где уже находится 16-й (как выяснилось, его имя — Клэй Качмарек). 16-й объясняет ему, что Анимус пытается найти Дезмонда и удалить, как вредоносный вирус, а Клэй изо всех сил пытается предотвратить это. Дезмонд должен будет пережить последние воспоминания своих предков, и столкнуться со своим собственным прошлым, и если это ему удастся, то произойдет синхронексус и он сможет выйти из комы.

1511 год. 52-летний мастер-ассасин Эцио Аудиторе да Фиренце отправляется на Восток, на родину великого ассасина Альтаира ибн Ла-Ахада, где ищет следы утерянной библиотеки Ордена ассасинов. Это опасное путешествие обещает быть полным открытий и откровений. По прибытии в заснеженный Масиаф Эцио обнаруживает, что город оккупирован византийскими тамплиерами. Проиграв битву с ними, Эцио чудом избегает смерти в плену от руки жестокого Леандра, капитана тамплиеров. Пробравшись в катакомбы, Эцио обнаруживает, что для доступа к библиотеке Альтаира нужны пять печатей-ключей. Одна из печатей уже попала в руки тамплиеров, и Эцио предстоит отнять у Леандра дневник Никколо Поло, в котором дана информация о ключах. Выйдя из деревни, Эцио в повозке преследует Леандра, но византийские бомбисты на бегу уничтожают повозку и тяжело ранят Эцио. Эта погоня привела его в поселение в горах, которое находится под контролем византийцев. Пробравшись в цитадель, ассасин убивает стражу и самого Леандра. Перед смертью тамплиер отдает дневник Эцио, сказав, что книга ему уже не поможет и один ключ уже найден византийцами. Он также говорит, что тамплиерам не нужны книги Альтаира, а нужны лишь указания, которые направят их к некому Великому Храму.

Эцио отправляется в Константинополь, так как в дневнике сказано, что именно там хранятся печати. Ассасин знакомится с принцем Сулейманом, который представляется ему как ученик. В порту Эцио встречает Юсуф Тазим, который радостно приветствует мастера-ассасина. Юсуф рассказывает об обстановке в регионе: после падения Византийской империи ассасины стали силой в городе. Но тамплиеры быстро восстанавливают влияние, и ассасины уверены, что они готовы совершить переворот в ближайшее время. А султан Баязид II воюет с сыновьями, закрывая глаза на захваты районов византийцами. Показав квартал Галата, Юсуф дарит Эцио нож-крюк, созданный ассасинами под конец 15-го века. Юсуф показывает его в действии, и Эцио просит помощи в поисках печатей Альтаира. Узнав о нападении на Северную Имперскую базу, Юсуф отправляется туда, а тем временем Эцио командует обороной Галатской базы ассасинов, уничтожая византийцев. Затем они предпринимают атаку на Северную Имперскую базу в другой части города. Вернув базу и потеряв много ассасинов, Эцио начинает расширять Орден, приглашая вступить туда местных жителей. Спустя пару недель один член Ордена достиг звания ассасина и он хочет стать командиром базы. Он также говорит Эцио, что в последнее время без вести пропали несколько ассасинов. Ночью они в тёмном пустом парке обнаруживают труп и кровь ассасина. При помощи Орлиного чутья Эцио видит, что ассасин был убит человеком в плаще с капюшоном. Тут-то как раз этот человек попадается на глаза Эцио и он устраивает погоню. Но человек избежал смерти от рук ученика и его защитил отряд византийцев. Ученик рассказывает, что этот человек — падший ассасин Вали, который мстит ордену и его нужно уничтожить. Но Эцио не позволяет сразиться ученику с таким сильным врагом и отправляет ученика в Бурсу на задание. На следующий день Юсуф показывает Эцио как создавать бомбы. Эцио спрашивает, где в Имперском районе была лавка Поло. Она должна дать зацепки где искать ключи Масиафа. Юсуф советует Эцио спросить об этом оттоманского картографа и навигатора Пири Реиса. Пири на карте показывает место, где раньше находилась лавка. Картограф также обещает рассказать ассасину об использовании особых бомб, если он захочет. Прибыв на место, Эцио обнаруживает, что на месте лавки Поло расположился книжный магазин очаровательной венецианки Софии Сартор. В магазине Эцио находит потайной ход в подземное пустое водохранилище Цистерну Базилика. Оказывается, там ведут свои раскопки византийцы, которые ищут второй ключ. Но Эцио убивает трёх капитанов тамплиеров и вырезает весь византийский отряд, после чего он находит ключ Масиафа и карту. В магазине Эцио заключает сделку с Софией: она расшифрует для него карту, где надо искать книги которые укажут на местоположение катакомб с ключами, а взамен Эцио после окончания поисков отдаст книги Софии.